김 총장은 최근 정부의 한미FTA와 관련해 “비전문가들이 경제논리가 아닌 정치논리로 성급하게 추진하고 있다”고 지적했다. 그는 “칠레와의 FTA체결에 3년 2개월 걸렸는데 단순히 관세철폐가 아닌 경제통합의 뜻이 담긴 미국과의 FTA는 그쪽 일정에 맞춰 10개월 만에 끝내려 하고 있다”며 “개방은 필요하지만 어떤 것이 더 이익을 더 내느냐를 생각해야 한다”고 주장했다.

김 총장은 이어 "참여정부가 한미FTA와 관련해 '100년전 쇄국으로 돌아가느냐 개방이냐'고 말하는데 이는 분명 잘못된 논리"라고 반박했다. 이미 우루과이라운드로 개방은 이뤄진 것이라는 설명이다. 그는 "중국과 일본이 우리나라와 미국간 FTA를 가만히 지켜보고 있다"며 "한미FTA를 지나치게 서두르는 것은 '망하려고 하는 것'"이라고 말했다.