이들은 헌법소원 심판청구서에서 △학교법인의 이사선임권을 제한한 개정 사학법 제14조 제3항 △임시이사의 선임요건 완화하고 임기제한을 폐지한 개정 사학법 제25조, 임원취임의 승인취소 사유를 넓힌 법 제20조의2 및 임원직무집행 정지를 규정한 법 제20조의 3 등 조항에 대해 위헌성을 제기했다.

이들은 또 “개방형이사제의 도입과 임시이사제도의 강화 등을 내용으로 하는 이번 개정 사학법은 개인의 재산권과 평등권의 침해 이외에도 종교의 자유, 교육의 자율성 등이 침해되고 있다”며 “헌법에서 규정하고 있는 자유민주주의원리, 자유시장 경쟁질서의 원리에도 위반돼 법률자체가 무효”라고 주장했다.

청구인단의 대리인을 맡은 이석연 변호사는 “대한민국이 시장경제를 전제하고 있다면 이 법은 있을 수 없는 법으로 공익소송차원에서 진행하는 것”이라며 “앞으로 법안 연구진을 보강하는 등의 노력으로 보다 체계적으로 대응해 갈 것”이라고 말했다.

조용기 한국사학법인연합회장은 “그동안 국가의 역사를 만들어 온 사학을 모두 도둑으로 몰고 있다”며 “이를 묵과하지 않고 법룰 불복종 운동 및 1천만인 서명운동 등 기존에 계획했던 것들을 계속해서 전개해 갈 것”이라고 말했다.

이에 대해 민주적 사립학교법 개정과 부패사학 척결을 위한 국민운동본부(이하 사학국본)는 성명을 통해 “사학재단의 헌법 소원을 환영하면서도 규탄한다”며 “위헌판결이 날 가능성은 0%에 가깝다”는 입장을 표명했다.

사학국본은 "헌법소원 제출이 이 논쟁의 종지부를 찍을 수 있는 유일한 방법이라면 그것 마저도 환영한다"며 "이제 모든 결정을 헌법재판소에 맡기고 사학재단과 한나라당은 본래의 자리로 돌아가 맡은일에 충실해야 할 것"이라고 밝혔다.

김행수 사학국본 상임사무국장은 “이번 법이 위헌이 아니라는 것은 우리뿐만 아니라 그들(사학단체들)도 알 것”이라며 “소송을 제기한 만큼 헌재의 판결이 나오게 되면 그 결과에 승복하는 모습이 바람직하다”고 말했다.