과기부는 그동안 연구자들이 불편을 제기했던 평가부분을 대폭 간소화하기로 했다. 연구자율성을 높이기위함이다. 이를 위해 현재 3년 이내 과제는 전문기관의 연차실적·계획서 검토로 대체하고, 4년 이상 과제는 사업계획에 따른 단계평가를 실시하기로 했다.

또 관리상 효율성을 제고하기 위해 사업기간을 융통성 있게 조정하기로 했다. 예산의 조기집행을 위해 일부사업(MRC, NCRC, 창의 등)에 대해 정부지원기간을 조정하고,개인·소규모 연구지원사업의 일부 프로그램의 경우 2005년부터 신규과제 개시일정을 조정해 일괄시행(상반기/하반기 사업)키로 했다.

또한 기존 과제참여자에 대한 참여제한을 대폭 완화했다. 중·대규모 집단연구(SRC/ERC, NCRC, MRC)의 센터장은 센터에 전념하는 것을 원칙으로 하되, 선정 초기에는 센터에 집중하고 이후 필요한 경우 타사업의 참여를 허용했다.

또 센터장을 제외한 연구자는 기초과학연구사업내 연구과제 지원 프로그램에 2개 과제까지 참여가 가능토록 했다.이와함께 신청과제에 결격 사유가 있는 경우 일정기간 보완기회 부여토록 했다.