일관된 대학운영을 위해 총장의 임기를 현행 4년에서 6년으로 늘려 재임을 허용하고 상설자문기구인 '정책심의회의'와 교수의회를 설치하는 등 대학운영구조를 대폭 개선키로 했다.
또 독립회계제도가 도입되며 수익사업 등을 위한 별도의 사업재단이 설립된다. 현재 2년 단임 직선직인 단과대학(원)장은 연임이 가능한 3년 임기의 총장임명직으로 바뀐다.
총장선출방식은 `총장후보자추천위원회'(정책심의회의+교수의회 구성원)에서 2명의 후보를 선정, 정부에 추천하는 일종의 간선제와 추천위에서 선정한 후보자에 대한 학내 신임투표를 거치는 직선제 등 2가지다.
총장이 위촉한 외부인사 20명 이내로 상설기구인 정책심의회의를 설치, 대학의 정책 자문과 총장 평가를 맡도록 하고, 서울대 교수 1백명 이내로 구성된 교수의회를 통해 학사과정, 예결산 등 학교운영 전반을 심의·의결토록 했다.
이밖에 재정운영과 평가를 상당부분 대학자율에 맡기는 독립회계제도 도입을 추진하고 안정적 재정 확보를 위해 수익사업 및 대학 소유의 인적, 물적, 지적 자원 등을 관리할 별도의 사업재단도 설치한다는 방안이다.
이 계획은 또 의대.치대.수의대를 4년제 전문대학원으로 전환하고 법학(로스쿨) 및 경영(MBA)전문대학원을 별도 설립하되 이 경우 해당 학부 및 학술학위 대학원은 그대로 유지한다는 방침이다.
이 가운데 법학(로스쿨) 경영(MBA) 전문대학원 설립은 미국의 로스쿨 및 MBA와 비슷한 형태의 법학 및 경영학 전문대학원을 신설하되 해당 학부와 대학원은 그대로 유지, 학술학위과정과 전문석사과정을 별도로 운영하는 방안을 골자로 하고 있다.
계약제·연봉제 실시와 맞물려 교수 경쟁력 강화를 위해 상시채용제를 본격 도입,국내외 우수인력에 대한 초빙교수제를 활성화하고 능력과 업적을 직급.승진과 연계하고 재임용기준도 강화키로 했다.
학부교육과 관련, 현재 학과와 전공으로 돼있는 학생 소속을 단과대학으로 바꿔 연합전공 활성화와 전공설계 심의제 도입 등을 통해 다양한 전공선택권을 보장키로 했다.
서울대는 캠퍼스 24시간 개방과 함께 장기적으로 외국 분교 설치나 제2캠퍼스 설립 추진 등 신캠퍼스 조성에 나서는 한편 외국인교수 및 학생비율을 10년이내에 각각 전체의 10%와 5% 수준으로 끌어올리기로 했다.