이전의 교직원 수첩파동과 기초학문 대학의 성명사태 등 총장의 운영방식에 대한 불만이 이제 총장퇴진 운동으로까지 조심스럽게 거론되고 있다.

지난 12일 서울대 교수협의회(회장 신용하) 주최로 서울대 교수 80여명이 참석한 가운데 열린 `국립대학 발전계획 대토론회'에서 참석자들은 '서울대가 관 주도의 통제로 일관, 대학의 자율성과 민주성을 무시하는 교육부의 국립대발전계획을 여과없이 수용, 학칙개정에 반영한 것은 도저히 받아들일 수 없다'고 반발했다.

참석자들은 특히 '교내 전체 60개 연구소 소장들에 대한 일괄 보직해임 조치 등 이번 학칙개정 과정에서 빚어진 학내 의견수렴 절차의 부재는 총장을 비롯한 본부의 독단적 운영방식을 여실히 보여주는 것'이라며 학내 의사소통 과정의 개선과 교수평의원회의 견제 및 감시기능 강화를 촉구했다.