서삼영 한국교육학술정보원장은 "대학의 연구 능력 향상을 위해 연구에 필요한 기자재 및 학술정보 등 기본 연구 인프라 구축하고 효율적이고 협동적인 연구가 가능한 시스템을 갖추어야 한다"고 말한다.

연구중심대학(Research Institutes) 육성도 강조되고 있다. 이를 통해 대학의 지식을 창출하고 차세대 과학기술 및 연구인력을 양성하는 역할을 수행해야 한다는 것이다.

일부 학자들은 연구 중심 대학 내 유능한 교수와 학생들이 벤처 창업열풍으로 연구활동이 느슨해지는 것을 우려하기도 한다.

새천년 민주당 이재정 의원은 교수 연구비 문제와 관련 "교수1인당 연구비가 명문대에 집중되고 또 수도권에 집중되고 있어 이와 같은 격차가 해소되지 않을 경우 지방대학의 연구역량이 지속적으로 하락할 것이고 아울러 불균형적인 교수연구비의 차이는 구조적인 층을 만들고 있다"고 우려를 나타냈다.

전국 1백92개 대학 전체 전임 교원의 1인당 평균 총연구비 규모는 2천6백만원이며 수도권과 지방간에는 약 8백만원의 격차가 발생하고 있어 수도권 1개교 당 82억원, 지방대는 48억원으로 큰 차이를 보였다.