전국교수노조는 5일 성명서를 통해 “노무현 정부의 개혁 코드와 일치하는 인사가 이기준씨라는데 경악하지 않을 수 없다”며 “일방적이고 독단적인 행동으로 서울대에서 쫓겨났던 인사의 지금까지 행적으로 미루어 올바른 교육정책 수립과 집행을 결코 기대할 수 없다”고 주장했다.

교수노조는 “자신의 과오에 대한 한점의 반성도 보이지 않는 이기준씨를 교육부총리로 인정할 수 없으며 임명을 철회할 때까지 강력히 투쟁할 것”이라고 밝혔다.