2006년 신규센터는 지정공모에서 국방IT기술과 u-헬스케어용 센서 및 컴퓨팅, 자유공모에서 신성장동력 IT기술분야, IT분야 지역 특화산업과 관련된 분야에서 각각 2개센터를 선정하게 된다.

신청한 연구센터에 대한 선정평가는 10월 중순에 실시되며 선정결과는 10월말 최종확정, 발표된다.

지정공모 과제에는 최고 8년동안 모두 64억원(매년 8억원)이 지원되며 자유공모 과제에는 최고 6년동안 30억원(매년 5억원)이 지원된다. 정부지원금은 연구비와 연구기자재 구입, 연구참여 대학원생 인건비 등으로 활용된다.