교육개혁시민운동연대(상임운영위원장 주경복·이하 교육연대)는 NEIS 공방과 관련, 28일 성명을 내고 “NEIS 강행을 주장하며 교육부총리 퇴진을 요구하는 것은 행정 편의주의와 기득권을 지키기 위해 참여정부의 교육개혁을 훼손하려는 정략일 뿐”이라며 “교육부 관료와 한국교총, 시·도 교육감 등은 반인권적 반교육적인 행태를 중단하고 교육자로서 양심에 따라 행동해 줄 것을 권고한다”고 밝혔다.

교육연대는 이어 “NEIS 파동의 가장 큰 책임자라 할 교육부 관료들은 후속 조치들이 차질 없이 추진되도록 최선을 다해야 한다”며 “후속 대책 마련을 위해 구성될 '정보화심의위원회'는 교육주체들이 참여해 근본적인 대안을 논의하는 기구로 구성돼야 한다”고 덧붙였다.

사립학교법개정과 부패사학척결을 위한 국민운동본부(상임대표 노태구·이하 사학국본)도 성명을 내고 “한나라당은 국민의 정보인권을 정략적으로 이용하지 말라”고 주장했다.

사학국본은 “지난 3월 임시국회에서 한나라당 교육상임위원 대부분이 NEIS 시행에 대해 인권침해 부분이 있다고 이의를 제기하며 시행중단을 요구한바 있다”며 “한나라당이 이제와서 말을 바꾸어 NEIS 시행을 요구하는 것은 반국민적 반인권적 행위”라고 밝혔다.