또 최근까지 박사과정 특차전형에서 서울대 출신만을 선발, '비서울대 출신'에 대한 '보이지 않는' 차별이 존재한다는 지적도 제기되고 있다.

서울대가 국회 교육위 소속 조부영 의원(자민련)에게 낸 국감자료에 따르면 98년 이후 일반전형으로 선발한 서울대 대학원 석사과정 신입생 1만1천7백26명중 서울대 출신(6천6백29명)과 서울소재 대학출신(3천3백31명)은 전체의 84.9%에 달했다.

그러나 지방국립대 출신은 9.7%(9백28명)였고 지방사립대 출신은 3.1%(3백64명), 수도권 소재 대학출신은 2.9%(3백42명), 해외소재 대학출신은 1.1%(1백32명)에 그치는 불균형을 보였다.

같은 기간 특별전형을 통해 뽑은 신입생 5천3백42명 중에서도 서울대 출신은 69.1%(3천6백92명), 서울 소재 대학출신은 18.2%(9백74명)을 기록, 본교 및 서울 소재 대학 출신이 전체의 87.3%에 달하는 등 압도적이었다.

이에 비해 지방국립대 출신과 지방사립대 출신은 각각 6.7%(3백57명)와 2.0%(1백12명)에 그쳤다.

박사과정의 경우 같은 기간 전체 일반전형으로 선발한 신입생 4천3백62명 중 본교출신은 83.1%(3천6백26명)였고 서울소재 대학출신은 7.5%(3백28명)였다.

지방국립대와 지방사립대 출신은 각각 4.4%(1백95명)와 1.7%(78명)에 그쳐 박사과정에서 '서울 편중' 현상은 더욱 심각화된 것으로 분석됐다.

또 박사과정 특차전형에서는 올해 처음으로 38명의 비서울대 출신을 선발했을 뿐 2001년까지 서울대 출신 이외의 신입생은 단 1명도 없었다.

이밖에 해외 소재 대학 출신 비율이 매년 1% 내외로 머무르는 것으로 집계돼 서울대가 의욕적인 국제화 계획에도 불구하고 그다지 성과를 거두지 못하는 것으로 드러났다.