한나라당 황우여 의원은 "지역할당제는 자유경쟁 원칙을 훼손하고 이미 실시중인 농어촌 특별전형과의 차이점이 모호하다"면서 "지역할당제는 오히려 서울대 줄세우기를 공고히 할 우려가 있다"고 지적했다.

황 의원은 또 "진정한 사회통합과 사회적 약자 배려를 위해서는 서울대에 가지 못한 사람이 차별받지 않도록 해야 한다"며 "지역할당제는 신입생 선발시 시행하는 것보다는 공무원 채용시 지방대학 출신을 상대로 실시해야 한다"고 주장했다.

민주당 전용학 의원도 "지역할당제 도입의 근본 취지는 공감하지만 도시지역 학생들에 대한 역차별은 위헌소지가 있다"며 "수도권 집중이 심화되고 있는 상황에서 이 제도가 도입된다면 지방인재들이 수도권 대학으로 몰려 지방대학은 물론 지역경제까지 고사될 수 있다"고 말했다.

그러나 김화중 의원(민주당)은 "올해 서울대 신입생 74%가 대도시 출신인데 비해 읍.면이하 출신은 겨우 4.1%에 그쳤다"며 "지역할당제는 교육기회 균등제로 정 총장의 문제 제기에 깊이 공감한다"고 주장했다.

이미경 의원(민주당)도 "서울대 뿐아니라 고려대와 숙명여대 등 많은 대학에서 대도시 출신 학생들이 대다수를 점하고 있다"며 "지역할당제는 사회의 구조적인 불평등 문제를 어느 정도 시정할 수 있는 방안"이라고 가세했다.