교육부는 “서울대가 수능성적을 자격기준으로 활용하려는 계획은 수능성적을 다양하게 활용하는 방법의 하나로 긍정적인 측면도 있으나 학생부 성적 반영비율을 현행과 같이 유지하기로 한 것은 학교교육의 정상화를 도모하는 새 대입제도의 기본취지에 부응하지 않는 것"이라며 우려를 표명했다.

교육부는 이어 “서울대가 계획하고 있는 논술과 면접의 강화에 대해서는 일단 바람직하다는 입장이지만 논술이 사실상 본고사 부활로 변질돼서는 안된다는 점을 분명히 한다”고 재차 강조했다.

교육부는 "대학별 본고사는 학교 교육과정 운영을 파행으로 몰고 갈 뿐만 아니라 고액 사교육이 크게 늘어남으로써 학생들이 학교교육보다 사교육에 의존하게 될 우려가 크기 때문에 이를 용인할 수 없다는 기본입장에 변화가 없다"고 밝혔다.

교육부는 "앞으로 학생부 성적에 원점수 외에 평균과 표준편차 및 등급을 표시하도록 하고 평가기준의 사전 공개, 학교장의 성적관리책임제 강화 등을 통해 대학이 신뢰할 수 있는 평가자료로 만들어갈 계획"이라며 "대학들이 구체적 전형계획을 마련하는 과정에서 2008학년도 대입제도의 취지를 반영하도록 대학들과 긴밀하게 협의해 나갈 계획"이라고 덧붙였다.