A 교비회계에서는 연구간접비를 잡수입으로 처리하고 있으나, 산학협력단에서는 산학협력수익에 수탁과제 연구비 전액을 계상한다. 간접연구비는 연구과제의 수행에 있어 공통적으로 발생한 원가로서 주로 대학의 연구지원활동에서 발생하는 비용이라 할 수 있다. 따라서 사업 주간기관에서 별도의 지침이 없는 경우 연구간접비는 산학협력단에서 연구기금 또는 일반관리비로 사용할 수 있다. 연구간접비에 대한 회계처리는 다음과 같다.

1) 산학협력단회계의 분개

○ 연구비 입금시

(차) 현금및현금등가물 1,000 (대) 산학협력수익 1,000

○ 연구비 지출시

(차) 산학협력비 900 (대)현금및현금등가물 900

○ 연구간접비를 기금으로 적립하는 경우

(차) 연구기금 100 (대) 현금및현금등가물 100

2) 교비회계 분개

○ 연구비 입금시

(차) 예 금 1,000 (대) 연구기부금 900

(대) 잡수입 100

○ 연구비 지출시

(차) 연구비 900 (대) 예 금 900

○ 연구간접비를 기금으로 적립하는 경우

(차) 연구기금 100 (대) 예금 100

(차) 제적립금대체액 100 (대) 연구적립금 100