산학협력단도 대학의 하부조직으로서 대학내의 하나의 조직으로 보아야 한다. 따라서 대학에서 근무하고 있는 교직원을 산학협력단 회계에서 겸직발령을 하여 근무하게 한 경우에는 산학협력단의 재원이 허용하는 범위 내에서 겸직수당 정도는 지급할 수 있을 것이다. 단 이중으로 직책수당을 지급해서는 안되며 겸직수당만 지급해야 합니다.

그리고, 산학협력단과 대학은 별개의 회계이므로 원천징수는 각각의 회계에서 이루어져야 하는 것이 원칙이며, 세무신고 또한 각각 이루어져야 합니다.

연말정산의 경우, 소득세법 제142조 및 동법 시행령 제199조에 의해 대학과 산학협력단에서 근로소득을 받는 자는 주된 근무지와 종된 근무지를 정하여 근무지(변동) 신고서(별지 제 26호 서식)를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하고, 주된 근무지의 원천징수의무자는 그 신고서를 관할세무서장에게 제출하도록 되어 있다. 대학을 주된 근무지로 신고할 경우 대학과 산학협력단에서는 각각 근로소득에 대하여 원천징수를 하며, 산학협력단은 당해연도의 다음연도 1월분의 급여를 받기 전에 대학의 원천징수의무자에게 해당 근로자의 근로소득원천징수영수증을 제출하여야 한다. 대학의 원천징수의무자는 종된 근무지의 근로소득원천징수영수증을 수령하여 연말정산을 하면 된다. (자료제공 : 사학진흥재단)