한나라당은 외고의 학생모집 제한이 "학부모.학생의 학교 선택권을 제한하고 학교 운영의 자율성 및 지방교육자치 등을 훼손한다"며 반대한 반면, 열린우리당은 외고가 설립 취지대로 운영되도록 하기 위해 불가피한 조치라는 입장을 보였다.

한나라당 이주호 의원은 "(외고 모집 제한은) 자율적 학교운영과 학생 및 학부모의 선택 권한을 침해한다"며 "전체 흐름을 거꾸로 돌리는 졸속 정책을 발표해 학부모들을 왜 혼란에 빠뜨리느냐"고 주장했다.

이 의원은 또 "학생 모집 권한은 시도 교육감 소관인데 이를 교육부가 침해하고 있다"고 지적했다.

같은 당 이군현 의원은 "공영형 혁신교를 만들기 위해 외고의 학생 모집을 제한하려 한다는 의혹이 있다"면서 "교육감과 교장의 의견을 충분히 수렴도 안하고 정책을 추진해 무리를 빚고 있다"며 정책 재검토를 요구했다.

김영숙 의원도 "학생들의 교육 선택권을 침해하는 조치"라며 "공영형 혁신교를 띄우기 위해 외고를 희생양 삼는 게 아닌가"라고 따졌다.

반면 열린우리당은 교육부 조치를 옹호했다.

열린우리당 최재성 의원은 "외고 학생의 동일계 진학원칙이 지켜지지 않고, 설립 취지가 무색할 만큼 외고 운영이 잘못 가고 있다"면서 "이번 조치는 우선 미세한 조정이라도 하겠다는 신호"라며 교육부 방침에 대한 지지의사를 밝혔다.

최 의원은 더 나아가 외국어고의 폐지도 검토해볼 것을 주장했다.

유기홍 의원은 이번 조치가 학교운영의 자율성을 침해한다는 한나라당 의원들의 지적에 대해 "외고도 재단전입금은 거의 없고 시설비 등은 정부 지원을 받는다. 서울시내 외고 6개 중 2개는 재단이 단 한푼도 돈을 내지 않는다"면서 "그런 실상을 국민들이 알아야 한다"고 반박했다.

김교흥 의원은 "외국어고가 설립 취지와 다르게 명문대 입학과 유학의 발판이 되고 있고, 초등학교 4학년만 되면 외고 입시반에 다닐 정도"라며 정부 정책방향에 원칙적으로 찬성했다.

그는 다만 모집지역 제한보다 동일계 진학자에 대한 가산점제 강화가 더 효율적일 수 있다고 제안하기도 했다.

이에 대해 김진표 교육부총리는 "외고가 당초 설립 취지대로 운영되지 않는 상황에서 너무 많이 설립되고, 수도권에만 너무 집중되고 있다"면서 "이런 문제를 시정하지 않으면 학생부 반영률을 50%로 올리는 2008학년도 대학입시에서 문제가 생길 것"이라며 정책 추진 의지를 재확인했다.