이에 따라 일부 사학은 혐의 사실 확인 자체를 꺼렸고, 이번 감사원의 발표로 '사학 전체가 비리 집단으로 매도되는게 아니냐'며 감사원 발표가 미칠 영향을 예의주시했다.

2003년 산업대에서 일반대로 전환을 추진하는 과정에서 보험상품을 이용해 교비 171억원을 편법적으로 법인에 빼돌린 혐의 등으로 적발된 광주 K대측은 "수익용 기본재산, 교수충원율, 교직확보율 등에 따라 대학신설 승인여부와 신입생 정원 등이 결정되는 상황에서 일반대로 전환하기 위해 생긴 일"이라고 해명했다.

캠퍼스 공사비를 건설사에 허위로 지급한 혐의를 받고 있는 전북 S대의 경우 당혹감을 감추지 못하면서 혐의 내용에 대해서는 강력 부인했다.

재단 관계자는 "(공사비를 허위로 지급한 것에 대해) 그런 적이 없다"며 "감사원 발표 내용도 전해들은 바 없다"고 혐의 자체를 인정하지 않았다.

역시 비리가 있는 것으로 발표된 경기 S재단측도 "아직 감사원으로 부터 통보 받은 적이 없다"며 혐의사실 확인을 거부했다.

경남 사립 초.중.고 법인협의회의 한 관계자는 "도내 전체 155개 사립학교 중 일부가 감사에 지적된 것으로 알고 있다"며 "사립 학교에 자극제가 될 수 있겠지만 사학 대부분이 비리가 있는 것처럼 비쳐지는 점은 경계해야 할 것"이라고 강조했다.

일부 사학은 '표적 감사'라며 반발하기도 했다.

설립자이자 이사장이 비자금 45억원을 조성해 부인과 아들 명의 계좌로 빼돌린 것으로 알려진 경북의 K대측은 "표적감사가 아니냐"며 불편한 속내를 드러냈다.

익명을 요구한 학교 관계자는 "우리 학교보다 더 심한 비리가 저질러지는 학교도 많은데 우리 학교를 문제 삼는 것은 표적감사로 밖에 볼 수 없지 않느냐"고 볼멘 소리를 했다.