과학재단은 과학기술 중심사회 구축을 위한 정부 연구개발 투자의 확대 계획에 따르 2010년까지 국가 연구개발예산의 25%를 확보해 기초연구 및 원천기술 연구 분야를 집중 육성한다는 전략을 수립했다. 즉, 한국과학재단이 2010년까지 국가 연구개발예산 약 10조원 중 2.5조원을 투자해 생명공학, 전자공학 및 원자력 등의 과학기술분야에 지원할 예정이다.

한국과학재단은 국민과 연구자가 신뢰하는 기관으로 시스템 혁신을 통해 역량있는 기관으로 위상을 강화해 세계적인 연구지원 전문기관으로 도약한다는 계획이다.

또 국가 과학기술정책에 부응해 "R&D 종합경영기관으로 발전한다"는 중·장기 발전계획을 설정, △연구사업 영역과 역할 재정립 및 국가 전략목표와의 부합성 강화, △태동기원천기술 및 대형복합기술 연구지원의 전략화, △과학기술 관련 기금관리의 효율성 강화, △창의적 과학기술 인재 발굴 및 양성사업의 다각화, △전략적 허브 구축을 통한 국제협력의 특성화 및 협력 네트웍 강화를 위한 중국 사무소 개소, △국가 R&D 사업의 성과관리 및 분석 강화, △평가시스템 효율성 제고 및 결과 평가 개선을 통한 연구성과 확산 등 7대 핵심전략과제를 추진하기로 했다.