교총은 "교육청이 내놓은 선택권 확대 방안은 현행 학군별 추첨배정제도를 기본골격으로 삼고 있어 선택권 확대에 한계가 있고 기피학교에 배정된 학생의 불만, 거주지에 따른 이해관계의 충돌 등 개편에 따른 부작용과 혼란도 적지 않을 것으로 예상된다"고 주장했다.

따라서 "학군조정과 지원횟수 조정 같은 기술적인 방법만으로는 학교 선택권을 보장하는 데 한계가 있므로 교육당국은 고교평준화제도에 대한 근본적인 검토에 나서야 한다"고 촉구했다.

이들은 "모든 사립 고교를 일시에 추첨배정 대상에서 제외하는 것이 어렵다면 일정한 조건과 절차에 따라 희망하는 사립 고교를 우선 추첨에 의한 학교결정 방식에서 제외하는 방안도 검토할 수 있을 것으로 본다"며 "입학전형의 방법은 해당 학교의 자율성을 부여하되 지필고사 이외의 방법도 가능할 것"이라고 덧붙였다.