한의사단체는 적극 환영한다며 기쁜 표정을 감추지 못하고 있는 반면, 의사단체는 국립 한의학전문대학원 설립 방침을 재검토할 것을 촉구하는 등 불만을 터뜨리고 있다.

대한한의사협회는 30일 국립대에 한의학전문대학원이 세워지면 한방의료의 체계화와 임상연구가 강화되면서 전통의학인 한의학이 한 단계 도약할 수 있는 기반이 마련될 것이라며 환영의 입장을 나타냈다.

한의사협회는 나아가 이는 국가주도형 한의학 인력 양성 및 연구체계를 복원하는 역사적 의의가 있다며 의미를 부여했다.

반면 대한의사협회는 한의학전문대학원 설립 문제는 국가 보건의료체계의 틀 속에서 논의해야 함에도 불구하고 정부가 의사단체의 의견을 무시하고 성급하게 추진하고 있다며 반대입장을 분명히 했다.

의사협회는 "한의학의 세계화와 연구중심 인력배출을 위해서는 국립 한의학전문대학원 설치를 성급하게 추진할 것이 아니라, 현재의 한의과대학 교육시스템에 대한 전면적인 수정, 개편이 선행되어야 할 것"이라고 주장했다.

특히 의사협회는 "2004년 말 현재 국내 의료인력은 한의사를 포함해 9만8천명으로 경제협력개발기구(OECD)권고 적정 의사인력(인구 10만명 당 150명)에서 50여명 이상 초과하는 공급과잉 상태"라며 "이런 상황에서 국립 한의학전문대학원을 설립하면 보건의료체계의 혼란만 가중시킬 것"이라고 말했다.