김 교육부총리의 '논문표절 관행' 발언에 대해 강남훈(한신대 경제학과)교수는 "대학가에서 논문표절은 관행이 아니다"면서도 "일부 교수들은 적발의 두려움 때문에 제목을 살짝 바꾼다거나 잘 공개되지 않는 대학논문집에 중복게재하고 대학측도 이를 묵인하고 있다"고 김교육부총리와 국민대를 겨냥해 비판의 화살을 날렸다.

강 교수는 표절의 유형을 설명하면서 "논문의 본질적인 내용은 똑같은데, 제목이나 부제를 바꾸거나 표현만 바꾸어서 새 논문인 것처럼 제출하는 행위는 '의도적인 표절"이라며 "이는 다른 유형의 표절보다 더 나쁜 사기행위"라고 주장했다.

박거용(상명대 영어교육과)교수는 "제자 논문표절, 논문 중복게재, 연구비 이중 수령, 제자와의 부적절한 거래관계 등 대학사회와 관련된 수치스러운 모든 문제와 연관된 김 부총리 사태는 최근 대학가를 몰아친 '평가지상주의'가 업적 부풀리기를 부추긴 결과"라며 교육부의 대학정책을 비판했다.

박 교수는 "김 교육부총리는 노무현 정권이 한·미 FTA 국면을 가장 잘 돌파할 대표선수로 선임한 것"이라며 "이는 노 정권의 인사정책이 초보수준을 넘지 못한다는 것을 보여준다"고 목소리를 높였다.

박정원(상지대 경제학과)교수는 "김부총리의 BK21사업기금 부당사용과 연구실적물 중복게재 의혹이 제기된 것을 계기로 교육부의 BK21사업 기금의 관리능력 부재가 또 다시 문제되고 있다"며 "'선택과 집중'보다는 '승자독식'의 폐해를 안고있는 BK21을 폐기하고, 모든 대학의 교수와 대학원생의 연구역량을 네트워크화할 것"을 제안했다.

신광영(중앙대 사회학과)교수는 "김 부총리 사태를 통해 한국사회의 많은 문제가 교육부문에 농축돼있다는 판단"이라며 "대학의 비민주성과 교수의 권위주의, 학문정책이 전무한 교육부의 초점을 잃은 정책이 연구결과를 부풀리는 등의 대학사회의 문제를 조장했다"고 비판했다.