특히 이 사업은 교육부가 2003년부터 시행해오다가 지난해부터 과기부로 이관된 뒤 1년 만에 선정 기준이 바뀌어 정부 부처간 손발이 맞지 않는다는 비판이 일 전망이다.

6일 한국과학재단에 따르면 지난 1월 열린 국가과학기술장학생 선발위원회(의장 정근모 명지대 총장)는 이공계국가장학생 선정기준에서 내신성적 우수자를 올해부터 제외하기로 결정했다. 내신성적 제한을 없애 이공계 대학으로 진학하는 학생들의 선발 기준을 확대한다는 취지다.

한국과학재단 관계자는 "2008학년도 내신 50% 적용은 교육부가 하는 것이고, 여기는 교육부가 아니라"며 "교육부처럼 평등하게 하는 것은 사업의 취지에 맞지 않는다"고 설명했다.

이공계 국가장학사업을 시행하고 있는 한국과학재단 홈페이지에는 이 때문에 바뀐 제도에 대한 문의글과 수능시험을 보지않은 수시 합격자들의 항의글이 쇄도하고 있다.

한양대 수시1학기 합격생이라고 밝힌 신모씨는 "내신성적이 이번에 배제된 것을 보고 어이가 없다"며 "수능을 보지 않은 학생들도 야메로 입학한 것이 아니다"고 거세게 항의했다.

한양대 전자통신컴퓨터공학부 1학기 수시에 합격했다는 한 학생도 "제도 개편이 미리 발표됐다면 수능에 응시했을 것"이라며 "수능을 보지 않은 수시생들도 각 대학이 요구하는 평가에 따라 합격해 장학금을 탈 자격이 충분하다"고 주장했다.

한국과학영재학교 재학생이라고 밝힌 정모씨는 "수시로 대학에 합격해 신청대상에 포함되지 않는 것 같다"며 "저희 학교 학생들은 모두 수능을 보지 않아 비슷한 학생이 많을 것인 만큼 사정을 생각해달라"고 하소연했다.

수시전형으로 연세대에 입학했다고 밝힌 우모씨도 "정말 수시생을 배려할 수 있는 제도는 만들어지지 않을까요?. 수능을 안봤다는게 이렇게 치명적으로 변할 줄은 꿈에도 생각 못했다"고 억울해했다.

수능성적이 없는 수시전형 합격생들에게도 '입학성적우수장학생'으로 선정되는 기회는 있지만, 각 대학별로 자체 기준에 따라 선정여부가 불투명하다.

김모씨는 게시판을 통해 "수능성적 우수자나 대학에서 신청하는 대학입학성적 우수자나 마찬가지 아니냐"며 "대학입학성적 우수자는 이미 대학 장학금 학생과 겹치는 것 아니냐"고 항의했다.

한편 이번 선정 기준 변경에 대해 옹호하는 주장도 있다. 강모씨는 "어느 학교는 수능 1등급이 내신 80%도 안된다"며 "예고기간 없이 내신성적 우수자를 갑자기 없앤것은 아쉽지만, 학교별 차이가 엄연한 현실을 잘 반영한 것"이라고 평가했다.

이에 대해 교육부 관계자는 "교육부는 이와 관련해 학자금 대출업무만 취급하고 있어 어떤 내용인지 파악하고 있지 않다"며 "답변하기 어렵다"고 밝혔다.

한편 과기부는 한국과학재단을 통해 올해 성적우수자 2,400명, 저소득·장애인 800명, 중점대학 800명 등 총 4,000명을 이공계국가장학생으로 선발 745억원을 투입해 4년간 전액장학금을 지급할 예정이다.