고미야마 총장은 동아일보와 가진 인터뷰에서 "서울대와 같은 대학을 하나 만들려면 지금까지 들인 시간과 똑같은 시간이 걸릴 것"이라며 "만들 일을 먼저 생각한 뒤 부술 생각을 하는 것이 어떻겠느냐"고 반문했다. 그는 "좋은 대학을 만드는 것은 좋은 건물이나 다리를 짓는 것과는 다르다. 일본에서 (서울대 폐지와 같은) 실험을 해보고 싶은 생각은 절대 없다"고 덧붙였다.

고미야마 총장은 국립대가 독립법인이 되면 기초교육과 연구가 부실해질 것이라는 우려에 대해서도, 법인화 3년째를 맞는 도쿄대를 예로 들며 반대 견해를 나타냈다. 그는 "기초교육이 부실화되느냐 안되느냐의 여부는 의지의 문제"라며 "학문이 고도화 전문화할수록 기초학문이 중요하며 도쿄대 실용학부들이 세계 정상급 연구실적을 낼 수 있는 것은 기초학문의 토대가 튼튼하기 때문"이라고 말했다.

고미야마 총장은 또한 법인화한지 3년이 지난 도쿄대의 가장 달라진 점은 "자율"이라며, "대학발전을 위한 기부금 조성 등이 자유로워져 세계 최고의 대학이 되기 위해 속도를 낼 수 있는 환경이 만들어진 셈"이라고 평가했다.