한국의과대학학장협의회는 성명서에서 국립한의대 설립이 △양·한방 협진이 아닌 이원화로 이끌 수 있고, △대학개혁정책의 수단이나 재원 지원 수단으로 오용될 수 있다고 지적했다.

이들은 "국립 한의대의 추가설립보다는 기존 한의대에서 현대의학 기법을 이용하는 연구를 활성화해야 한다”고 주장했다.

이어 “한의학과 현대의학이 통합·협력해야 세계경쟁력을 가질 수 있다”며 “한의대 설립으로 이원화된 시스템을 고착시킨다면 오히려 국가경제를 낭비할 수 있다”고 덧붙였다.