사립학교법 제29조(회계의 구분)에 의하면 사립대학은 1차로 ‘법인 회계’와 ‘ 대학회계’로 구분하여야 한다. 재단과 대학의 돈 쌈지를 구분하라는 뜻이다. 이는 대학회계의 돈을 보호하기 위한 조치이다. 적어도 학생 등록금에서 나온 돈은 축내지 말고 교육을 위해서 요긴하게 사용하라는 뜻이다. 사립대학이 등록금을 잘 못 투자하면 교수의 인건비도 못 줄 사태가 발생할 수 있는 사태를 예방하자는 취지로 풀이된다.

사립대학 회계는 또 회계성격에 따라 법인회계는 일반업무회계와 수익사업회계로, 대학회계는 등록금회계와 부속병원회계로 또 한 차례 각각 구분된다.

일반업무회계는 재단의 고유목적회계이다. 구체적으로는 기본재산의 관리와 이사회의 지원 등 사립대학 재단이 고유기능을 하는데 소요되는 제반 예·결산회계를 말한다.

재단 전체의 회계에서 일반업무회계에 포함되지 않는 것은 수익회계이다. 수익사업을 하는 경우에는 별도로 이익을 관리하여야 할 필요가 있다. 구체적으로는 해당 사립대학의 정관상에 표시된 수익사업체의 예․결산에 관한 회계이다. 또 그 수익소득에 대해서는 법인세 과세의 대상이기도 하다. 그래서 재단회계는 목적회계와 수익회계로 구분된다.

등록금회계는 대학의 입반회계를 말한다. 흔히 말하는 대학회계이다. 등록금수입, 국고보조금, 재단전입금, 외부기부수입이 대학회계의 4대 주요 수입원이다. 예금이자 같은 교육외수입도 많을수록 좋다.

‘수업료 기타 납부금은 교비회계 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다’라고 강조하고 있다. 그리고 별도 계좌로 관리하는 납부금은 압류도 못한다(사립학교법 28조) 대학회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수도 없다. 경영부실로 인해 교육이 안 되는 것을 미연에 방지하자는 뜻이다. 2중 3중으로 자물쇠를 채우고 있는 셈이다.

대학회계의 예산은 총학장이 편성하되, 대학평의원회의 자문을 거친 후 이사회의 심의·의결로 확정한다. 그리고 총학장이 집행한다. 이사장은 개입하지 말라는 규정이다.

부속병원회계는 사립대학의 의과대학, 치과대학 및 한의과대학의 부속병원으로 있는 병원의 회계를 말한다. 다시 말하면 대학설치기준령에 의하여 의학계열학과(의학, 한의학, 치의학)는 부속시설로써 부속병원을 설치 운영해야 하는데 의학계열 부속시설만을 부속병원이라고 할 수 있다. 부속병원 회계는 등록금회계와는 처리업무와 내용이 다르므로 경리를 별도로 구분할 필요가 있다. 부속병원이라는 개념과 관련하여 유의해야 할 것은 의학계열의 부속병원이 아닌 일반 수익사업체로서의 부속병원은 부속병원회계가 아니고 재단의 수익사업회계로 포함시켜야 한다.

기타회계란 총·학장 관리 하에 있는 여러 기관 중 등록금 예산과는 별도로 운영되는 회계를 말한다. 예를 들면 각종 연구소, 기숙사, 출판부, 인쇄실, 장학기금, 발전기금, 학생회비 등을 들 수 있다. 이를 통칭 특별회계 또는 별도회계라고 할 수 있다. 그런데 한 대학이 어떤 단위 기관의 예산을 기타회계로 분리하여 운용할 것인지 아니면 등록금회계에 포함시켜 운용할 것인지는 해당 대학의 역사, 관리방법, 단위기관의 예산규모 등에 따라 달라지는 것이지 일률적으로 단위기관의 예산을 기타회계로 반드시 분리해야 하는 것은 아니다.

그러나 기타회계로 운용하는 경우에는 최소한 중앙부서가 각 기타회계의 예산과 결산을 등록금회계에 합산하여 집계할 수 있도록 체계화되어야 할 것이며 모든 예금통장의 명의는 반드시 개인명의가 아닌 대학의 사업자등록번호 명의로 관리되어야 할 것이다.

어째든 사립대학의 회계는 법률적으로 한 지붕이지만, 그 속에 최소한 4가족 이상이 독립하여 살고 있다. 회계가 이렇게 구분되어 있으니, 예산도 당연히 구분되어 편성되는 것이다.