조직 규모가 커질수록 예산에 관한 내부통제제도(內部統制制度)의 중요성도 확대된다. 내부통제가 잘 정비 되어 있으면 그렇지 못한 조직에 비해 재산이 잘 보호될 수 있고, 회계자료도 정확성을 높일 수 있다. 일례로 복식부기(複式簿記)로 하는 회계장부는 단식부기에 비해 훨씬 더 정확하다. 경리상 문제가 발생하더라도 사후에 검증하기 싶다. 때문에 사립대학 특례규칙도 장부를 복식부기토록 규정하고 있으며, 예산도 적정한 내부통제에 따라 집행하도록 권고하고 있다.(제11조)

예산의 내부통제는 주요 업무를 몇 사람 또는 몇 개 부서에 나눠 교차처리하게 하는 것을 기본적으로 하고 있다. 대학이 물품을 구입할 경우 구매신청자, 구매입찰자, 검수자, 대금 지불자 및 장부 기록자가 한 사람 또는 동일 부서에서 추진한다면 부정 또는 오류 가능성은 높아진다. 사후에 자동적으로 검증 또는 견제하도록 관련 업무를 분리하는 것이 예산의 내부 통제이다.

하지만 이 같은 원칙도 조직의 규모, 한 사람의 업무량 등 현실을 고려하여 탄력적으로 적용해야 한다. 규모는 작은데 내부통제를 잘 한답시고 인원과 부서를 확대한다면 본말이 전도되는 꼴이다.

다음은 예산의 내부 통제 방법들이다.

우선, 들어오는 돈은 지출할 돈과 구분해야 한다. 당장 가지고 있는 돈이 부족하다고 해서 들어오는 돈을 혼합시켜 사용하면 안 된다. 지출할 돈은 번거롭지만 별도로 예금에서 찾아 사용해야 한다. 가장 좋은 방법은 거래처로부터 대금을 회수할 때에도 온라인 송금으로 받아야 한다. 거래처로부터 외상대금을 현금으로 수령하는 것은 시간낭비이자 부조리의 싹이다. 대학의 등록금도, 그리고 기부금도 마찬가지이다.

둘째, 출납자는 현금출납 업무와 관련된 현금출납부만을 기록하고, 다른 회계장부에 관여해서는 안 된다. 이를 업무의 분리하고 한다. 설상 부조리를 공모했다 하더라도 사후에 얼마든지 규명할 수 있게 된다.

셋째, 소액현금 출납을 제외한 모든 거래대금은 금융기관을 통해 거래처 명의의 온라인으로 지급해야 한다. 업무상 거래처와 만나 직접 상담하는 것은 필요하지만, 그 자리에서 편하다고 돈을 주고 받는 것은 부조리의 씨앗을 뿌리는 격이다.

넷째, 소액현금은 ‘ 정액제’로 관리한다. 예를 들면 정액자금을 1백만 원으로 정하였다고 하자. 1주일 후 사용된 소액현금이 82만 원 이라고 하면, 예금통장에서 보충할 소액 현금은 대충 100만 원 이나 80만 원이 아니고, 사용액 82만 원을 정확하게 보충하여야 한다.

이렇게 하면 현금 출납부가 비록 정리되지 않더라도, ‘보유 소액현금과 소액자금으로 지출한 영수증’의 합계는 항상 정해진 정액이 된다. 출납자로서는 출납 업무의 부담감도 줄일 수 있고, 업무처리도 효율적으로 할 수 있게 된다.

21세기 국경 없는 경쟁시대에서 사립대학들이 생존하기 위해서는 외부로부터 사학재정을 확충 받는 것이 중요하다. 예산의 내부통제를 잘 정비하여 돈을 잘 관리하고 효율적으로 운용하는 것도 그만큼 중요하다.