서울대는 김 본부장이 논술교재를 발간하는 회사인 '오란디프'의 대표를 지내며 사교육 논술시장을 주도했다는 주장에 대해 "오란디프는 사고력 증진을 위한 콘텐츠 개발 업체로 논술교육과 무관하며 이 회사의 지분은 본부장 제의를 받기 전인 지난 6월 모두 처분돼 그는 현재 이 회사와 아무런 관계가 없다"고 밝혔다.

EBS(교육방송) 논술연구소장 시절 논술교재인 '사고와 논술'을 출판한 뒤 홍보를 위해 전국투어를 했다는 의혹에 대해서도 "해당 프로젝트는 교육부의 요청으로 고교 논술강화를 위해 학생과 교사를 위해 추진된 사업"이라며 "학교와 소외지역을 대상으로 추진된 사업을 사교육 확대로 보는 것은 문제가 있다"고 지적했다.

서울대는 또 김 본부장이 BK(두뇌한국)21 사업단장으로서 논문 실적을 부풀렸다는 의혹에는 "이미 학술진흥재단 심사에서 적법한 업적으로 인정받았으며 조사결과 아무런 문제가 없다"고 밝혔다.

한편 이날 교육위 국감에서 열린우리당 정봉주 의원은 "김 본부장이 사교육을 주도하고 논문 실적 부풀리기를 했다"는 의혹을 제기하며 "부적격 인사를 즉각 입학관리본부장에서 파면해야 한다"고 주장했다.