황 전 교수는 소장에서 "서울대 징계위가 증거로서 적격성을 갖추지 못한 조사위의 보고서 내용을 그대로 받아들여 징계혐의에 관한 사실과 징계사유를 잘못 해석하고 그를 토대로 파면 사유에 해당한다고 잘못 판단했다. 피고의 파면처분은 징계처분에 관한 재량권 일탈로 인한 위법ㆍ부당한 처분이다"이라고 반박했다.

그는 "징계 혐의사실 중 조사보고서에 왜곡이나 과장된 부분을 제외한 객관적으로 인정되는 원고의 잘못은 파면처분할 정도로 중대하지 않으며, 검찰 수사가 진행중인 경우 종결된 수사결과를 참작해 징계절차를 진행하지만 피고는 이러한 절차를 유보해달라는 변호인들의 요청을 뿌리치고 파면절차를 강행했다"고 주장했다.

그는 "파면처분은 단순히 한 과학자를 주저앉히는 개인적인 상황에 그치지 않고 원고가 평생 쌓아온 독보적 연구의 기회를 봉쇄함으로써 많은 사람들의 희망과 기대를 송두리째 빼앗아 버리고 생명공학의 비약적 발전 등 우리 사회의 역량 증진에 기여할 수 있는 길을 차단해 버리게 될 것이다"고 덧붙였다.

황 전 교수는 2004ㆍ2005년 사이언스에 실었던 인간 줄기세포 관련 논문이 조작된 것으로 드러나 올해 2월 직위해제된 데 이어 4월 파면됐다.