대학의 특성화와 경쟁력 강화를 위한 방안의 공통적인 문제는 산학협력을 통한 연구 및 교육 경쟁력의 향상이다. 이러한 필요성에 따라 정부의 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설립된 산학협력단이 발족된 지 어언 2년이 넘었으며 거의 모든 대학에 산학협력단이 설치되었다. 대학과는 별개 법인으로 설립된 산학협력단은 대학, 산업체 등의 연구 주체들이 협력을 통하여 대학은 연구기술을 확보하고 산업체는 이 기술들을 활용하여 상생하는 데 목적이 있다.

대학의 규모와는 별개로 모든 대학의 산학협력단들은 아직 여러 가지 문제점이 있다. 산학협력단에 대한 개념 및 설립 취지에 대한 인식의 미흡, 기존 부서와 업무 조정 문제, 회계처리 프로그램의 미비 등이다.

입학생 규모가 2천명 이하인 중소규모 대학들은 큰 대학에 비하여 재학생수가 적고 연간 예산 규모가 작으며, 교수 수가 적기 때문에 연구 분야가 다양하지 않은 것이 특징이다. 또 대학의 특성화 목표를 연구중심보다는 교육 중심 특히 학부 교육 특성화로 두고 있기 때문에 교수들의 산학협력이나 연구 능력 향상을 위하여 대학 차원의 지원보다는 교수의 자발적인 능력 향상에 의존하고 있다. 이러한 요인 때문에 작은 규모의 대학에서 산학협력단이 갖고 있는 문제는 다음과 같다.

첫째, 큰 규모 대학들의 경우 교수들이 확보한 연구과제의 간접비 징수를 통하여 산학협력단 재원을 튼튼히 하고 남는 수익을 대학에 지원하고 있으나 중소 규모 대학들은 역으로 산학협력단의 인건비를 대학에서 지원 받아 운영하고 있다. 말하자면 대학 전체로 보면 이익이 남는 산학협력단, 적자인 산학협력단이 공존하고 있는 셈이다. 따라서 작은 대학의 산학협력단은 어른 옷을 입은 아이처럼 기능이 부자유스럽고 대학 내에서 위상이 낮을 수밖에 없다.

둘째, 국가에서 지원하는 각종 연구지원 사업 신청 시 과다한 대응투자 요구로 인하여 대응투자비가 대학 교비 규모에 비하여 많은 비중을 차지하기 때문에 대학과 연구자들의 재정적 부담이 상대적으로 큰 대학에 비하여 심각하다. 따라서 연구자들의 연구 참여 의지 저하, 연구 참여 봉쇄 등의 문제를 발생시키고 있다. 또 대응투자를 많이 안할 경우 대응자금의 규모가 연구수행 능력보다 더 중요한 평가요소에 포함됨으로 인하여 연구 과제 선정 비율이 더 낮아지고 있다.

셋째, 산학협력이 이공계 학과 위주로 진행되다보니 인문사회계가 강한 대학이나, 중소규모 대학, 여자 대학의 경우는 산학협력단의 필요성을 구성원들 자체가 못 느끼고 있는 경우가 많다. 또 큰 대학의 경우 입시만을 위하여 독립부서인 입시처를 두는 것과는 달리 작은 대학의 경우는 가능한 조직의 규모를 작게 가져가기 때문에 산학협력단의 지위를 격상시키는 것은 더 어려워서 마지못해 운영하는 조직으로 인식되고 있다. 또 산학협력단 내에 기술이전 전문직원, 연구교수 등을 둘 수 있는 제도가 없다.

이처럼 산학협력단 규모가 큰 대학에서의 연구자의 연구윤리성, 학교기업 문제 등 연구가 활성화되어 나타나는 문제 해결에 치중하는 반면, 작은 대학들의 경우는 아직 재정적 어려움, 과제 선정의 불리함, 산학협력단의 위상 문제 해결 등에 치중되고 있다.