민간 단체로서 친일ㆍ민족문제를 집중적으로 다뤄온 민족문제연구소는 반민규명위의 이번 발표에 대해 환영하는 뜻을 나타내면서도 정부 기구로서 가질 수밖에 없는 활동의 한계를 지적했다.

조세열 민족문제연구소 사무총장은 "반민특위 해체 이후 국가 차원에서 처음으로 반민족행위자를 선정했다는 데 의미가 있다. 특히 폭넓은 증거 자료 수집을 통해 그동안 알려지지 않은 인물들이 일부 포함된 것은 높이 평가할 만하다"고 말했다.

조 총장은 그러나 "아직 조사중인 점을 감안하더라도 친일반민족행위자로 지목된 106명은 수가 너무 적다"며 "부일 협력자 중 정치적ㆍ사회적 책임이 있는 사람들 역시 친일반민족행위자로 규정해야 했다"고 아쉬움을 나타냈다.

학계에선 사안의 민감성을 고려한 탓인지 뚜렷한 찬반 입장 표명을 유보하는 모습이었다.

신용하 서울대 명예교수는 "106명의 명단을 직접 보고 심사숙고를 한 뒤 평가를 내려야 할 것 같다"며 신중한 태도를 보였고 이만열 전(前) 국사편찬위원회 위원장은 "법에 규정된 절차에 따라 이뤄진 것이므로 결과를 기다려 보자"며 입장 표명을 미뤘다.

안병직 서울대 명예교수는 "친일반민족행위자 명단 발표가 실익은 없고 오히려 정치적으로 이슈화 돼 집권 수단으로 이용될 소지만 많다. 친일반민족행위자의 재산을 환수해야 한다는 주장은 여러 차례 소유권이 바뀐 재산을 무작정 뺏겠다는 무지의 소산"이라며 반대 입장을 보였다.

안 교수는 그러나 "친일파 청산은 필요하지만 학문의 영역과 사법의 영역을 구분해야 한다는 의미다. 친일파 문제는 학문적 차원에서 접근해야지 연구원들에게 '재판권'까지 줘서는 안 된다는 것"이라고 강조했다.