이 교수는 2004년부터 3년간 문화재 발굴과 지표조사 프로젝트 10여개를 수행하면서 연구비용 8,000만원을 부적절하게 사용한 문제 때문에 징계를 받은 것으로 알려졌다.

서울대 박물관 고고역사부장으로 재직중인 이 교수는 1990년대 문화재 발굴 예산을 둘러싼 비리를 폭로, 학계의 자정을 이끌어낸 바 있다. 당시 그는 문화재 발굴 사업에서 일부 학자들이 연구를 등한시하고 일단 예산부터 따놓고 보자는 행태를 강하게 질책했다.