이 총장은 1988년 당시 '우리나라 채권수익률의 기간구조에 관한 실증적 분석(김모씨 석사논문)'과 '외환관리에 있어서 통화선물의 경제적 이득에 관한 실증적 연구(또다른 김모씨 석사논문)' 논문과 거의 같은 논문 2편을 교내 학술지(경영논총, 경영연구)에 기고한 것과 관련, "당시 재무관리 분야의 연구는 우리나라에서는 처음 본격화되는 시점이어서 지도학생들로서는 주제설정이나 논문작성에 어려움이 많았다"며 "이러한 상황에서 본인이 구상했던 논문 주제 두개와 관련 기초자료를 두 학생에게 주었고, 두 학생은 이를 토대로 석사학위 논문을 작성해 졸업을 하게 됐다"고 밝혔다.

그는 "몇달 후 고려대 경영대학에서 부정기적으로 발행되는 논문집 '경영논총'과 '경영연구'를 발행하기 위해 논문을 내달라는 요구와 독촉이 있어서 당시 가지고 있던 논문 초안을 기초로 두 학술지에 투고했다"고 해명했다. 자신이 초안을 가지고 있었고, 이를 토대로 학생들의 논문을 고쳐주었다는 말이다.

그러나 이 총장은 "비록 본인이 구상한 아이디어라고 해도 제자가 먼저 학위논문의 형식으로 출간했으므로 비슷한 내용의 논문을 단독 저자의 자격으로 학술지에 게재한 것은 연구윤리 관점에서 보면 적절치 못한 것이 사실"이라고 인정했다.

이 총장은 2005년 논문 '기업집단의 경영구조와 기업성과 및 기업가치의 인과관계에 관한 연구(신모씨 박사논문)'에 대해서는 "박사논문을 지도하면서 지도학생에게 논문의 주제와 방향을 제시해주고, 논문작성 과정에서 필요한 개념과 공식, 참고자료를 제공해 주었다"며 "지도교수로서 지도학생에게 될 수 있으면 많은 학술정보와 자료를 제공해주는 것은 당연한 일"이라고 해명했다. 박사논문 작성과정에서 논문의 전체적인 구조와 주제에 대해 조언을 해주고, 부적절한 문장을 직접 수정하거나 가필해줬다는 주장이다.

자신이 신씨의 논문에 '제1저자'로 명기된 부분에 대해서는 "논문을 지도하면서 지도학생에게 학위논문을 완성하기 전에 학술지에 투고해보도록 권유했다"며 "그 결과 학술지에 투고한 논문은 2005년 5월에 게재가 확정됐으며, 신박사의 학위논문은 2005년 6월에 통과됐다"고 말했다. 그는 "이 과정에서 신박사가 본인을 제 1저자로 넣은 것 같으며 본인은 게재가 확정이 되었다는 이야기를 들었을 뿐, 출간된 이후에도 제1저자로 명기된 사실을 모르고 있었다"고 밝혔다.

앞서, 당시 이 총장이 논문 지도교수를 맡았던 김모씨와 신모씨도 오후 1시30분 교내 백주년기념관 원격회의실에서 기자회견을 갖고 논문 표절의혹을 반박했다.

김씨는 "당시 이필상 교수님이 석사학위 논문 주제를 정해줬고, 논문을 완성하는 과정에서 필요한 부분을 가필도 해주고, 코멘트도 달아줬다"며 "공동연구를 했기 때문에 (논문이) 두편으로 나갔다"고 주장했다.

신씨는 "2005년 2월 박사학위 논문을 내기 전에 외부 학회지(대한경영학회지)에 먼저 내 게재가 확정된 시점이 2005년 5월 말이었고, 이후 이를 다듬어서 6월 박사학위 논문으로 제출해 통과됐다"고 해명했다. 자신의 논문을 먼저 외부 학술지에 투고해 인정을 받은 후, 이를 다시 박사 논문으로 제출했다는 얘기다. 신씨는 이 논문에서 이 총장이 '제1저자'로 등재된 부분에 대해서 "논문의 주제와 아이디어를 제공해 주신 분이 교수님이니까 제1저자로 올리겠다고 했고, 이를 (이 총장에게) 허락받았다"고 말했다.

그러나 이 총장은 "학생이 공동저자로 (이름을) 올린다고 해서 넣으라고 했다"며 "제1저자가 되는 것은 부담스러워 (이름을) 앞에 넣지 말라고 얘기했다"고 밝혀, 논란의 여지를 남겼다.