이들의 갈등은 직원단체가 총장 선출 규정 가운데 교직원 참여비율 모형을 선거 과정의 1.2.3차 투표 각운데 각 치수별로 가장 높은 대학 모형 따라 개정할 것을 주장하는 반면 교수회측은 참여율이 가장 높은 1개 단일 대학 모형 따르자고 하면서 촉발됐다.

이와 함께 '외부인이 총장 후보로 입후보할 때 선거권자의 10분의 1이상의 동의를 받아야 한다'는 규정에 대해서도 교수회는 선거권자를 '전임교원'으로 주장하고 있으나 직원단체는 이를 교수와 직원 모두를 대상으로 정의하자고 주장하면서 대립하고 있다.

교수회(의장 신양우)는 또한 대의원대회에서 직원단체의 요구를 수용하지 않고 총장 선출 규정을 의결해 대학 본부에 제출해 직원들의 반발을 샀다. 직원 단체는 이를 받아들일 수 없다며 대학본부 앞에서 집회를 벌이는 등 총장 선출 규정을 재협의할 것을 촉구하고 있다.

상황이 악화되자 총장이 직접 직원과 교수회간 이해를 끌어내려 했으나 아직까지 별 소득이 없는 상황이다.

이같은 대립이 계속돼 2월23일까지 선거를 치루지 못하면 간선 투표 또는 교육인적자원부의 총장 임명을 통해 새 총장을 뽑아야 하는 상황에 직면하게 된다.

교수회 신양우 의장은 "직원들과 논의를 많이 했는데도 의견이 좁혀지지 않았다"며 "어떠한 일이 있어도 선거 파행은 벌어지지 않길 바란다"고 밝혔다.