이 제도는 아이러니하게도 교육부의 대학 자율화 취지의 국공립대 법인화 계획에 포함되있어 교육부의 이중적인 태도에 대학가의 비판여론이 거셀 전망이다.

15일 교육부에 따르면, 등록금 가이드라인은 일본 문부성이 지난 2004년 국공립대를 일괄 법인화하면서 도입한 제도를 그대로 적용할 예정인데, 대학들의 평균 등록금 인상률보다 5% 이상 인상하는 대학에 대해서는 재정지원금도 줄인다는 내용이다.

교육부 대학구조개혁팀 관계자는 "평균 가이드라인을 통해 등록금을 과도하게 올리는 대학은 등록금을 올린 만큼 지원금도 깍는다는 방침"이라고 말했다.

교육부가 추진 중인 국공립대 법인화 특별법안에 재정지원 방안이 구체적으로 명시되지 않고 있다는 대학가의 비판에 설득력이 더해지고 있다.