검찰 관계자는 "BK21 사업의 자금 지원 성격 등을 종합하면 김 전부총리의 논문 중복 게재 행위가 연구 자금을 지원받기 위한 허위 보고라고 할 수 없어 사기에 해당하지 않는다"고 설명했다.

이 관계자는 "김 전 부총리가 서울시의회로부터 용역을 받은 연구 결과를 사업실적으로 보고한 부분도 BK21 사업기간 중 외부연구비를 받을 수 있다는 지침에 비춰볼 때 사업 운용과 배치된 행위가 아니다"라고 말했다.

검찰은 다만 김 전부총리가 BK21 실적으로 낸 논문 36건 가운데 2건은 BK21 사업 기간 내 올린 성과가 아니거나 같은 내용의 논문을 제목만 달리 해 제출한 것으로, 이는 BK21 지침을 명백히 어긴 행위이며 김 전부총리는 연구팀장으로서 책임이 있다고 밝혔다.

검찰은 또 진영호 전 성북구청장이 박사 학위 논문 심사를 잘봐달라는 취지로 김 전부총리의 국민대 연구소에 '21세기 성북 비전을 위한 행정수요 조사' 용역을 주고 1억 500만원의 연구비도 줬다는 고발 내용도 무혐의 처분했다.

검찰 관계자는 "행정수요 조사 용역은 1997년부터 성북구청이 진행한 성북구 구정발전 5개년 계획 용역의 후속 연구에 해당하고, 실제 지급된 총 연구비는 4천여만원에 불과했으며 연구팀 선정도 경쟁 입찰로 진행됐다"고 설명했다.

더구나 성북구로부터 용역비를 받고 논문심사를 마친 시점이 배임수재죄나 업무방해죄의 공소시효 5년을 완성한 2001년 9∼12월이어서 기소대상이 못 된다고 검찰은 판단했다.

정인봉 변호사는 작년 7월 "기존 논문을 BK 21 성과물로 제출해 교육부 지원금 2억700만원 중 상당액을 가로챘고, 성북구청에서 연구용역을 수주한 뒤 용역 결과를 토대로 쓴 제자의 박사학위 논문을 심사해 공정한 논문 심사를 방해했다"며 김 전부총리를 사기 및 업무방해 등 혐의로 고발했다.

검찰은 작년 7월 고발장이 접수된 뒤 교육부와 학술진흥재단, 국민대 등 관계자들을 불러 조사했으며 김 전 부총리는 지난달 서면 조사했다.