병원사 박물관에는 허준에 관한 자료부터 인제대백병원의 역사에 이르기까지 근현대 병원 역사 자료집들이 전시되며 동의보감, 종두시행문서, 근대병원 사진자료와 조선총독부에서 발행한 일제시대 병원 엽서 사진 등도 선보인다.

이와 함께 백인제 박사와 장기려 박사가 사용했던 수술대, 검안기, 늑막염 주사기, 50~60년대에 사용되던 수술 도구 등 근대 의료기구들도 만나볼 수 있다.

또한 운보 김기창 화백이 사용했던 백병원 약봉투, 백낙환 이사장의 '백병원재건계획서', 그리고 인제의과대학 1회 졸업생인 조종래(일산백병원) 교수가 기증한 성적표와 가정통신문, 졸업 앨범 등 이채로운 자료들도 전시된다.

박물관은 병원의 역사에 대한 자료를 상설 전시하면서, 대학 내 42개 학과의 다양한 전공 관련 자료를 수집, 순차적으로 특별전을 개최할 예정이다.