그동안 수익성이 낮은 토지를 고수익용 재산으로 바꾸고 싶어도 양도 차익의 최대 60.5%에 이르는 세금이 큰 걸림돌이 돼 왔다.

전국 4년제 사립대가 보유하고 있는 비사업용 토지 등을 전부 매각할 경우 2,000억원이 넘는 절세 효과가 있는 것으로 추산돼 사립대 재정 확충에도 ‘숨통’이 트일 전망이다.

18일 교육인적자원부와 재정경제부 등에 따르면, 교육부는 최근 ‘학교법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 면제’를 재경부에 건의했다.

학교법인이 소유하고 있는 비사업용 토지 등을 교육사업 또는 수익사업에 사용할 목적으로 양도할 경우 양도소득에 대한 법인세를 면제할 수 있도록 ‘조세특례제한법’에 관련 규정을 신설해 달라는 내용이다.

현행 법인세법에 따르면 학교법인이 비사업용 토지 등 수익용 기본재산을 처분할 경우 법인세 및 주민세 27.5%와는 별도로 양도소득의 33%를 법인세 및 주민세로 내야 한다. 5년 이내에 고유목적에 사용하면 기존 법인세 납부가 유예되긴 하지만 경우에 따라선 양도차익의 최대 60.5%를 법인세로 납부해야 하는 것.

이 때문에 세금을 제외한 나머지 금액을 수익용 기본재산으로 대체 확보할 때 매각 전보다 수익용 기본재산 확보율이 인하될 것을 우려한 학교법인들은 수익이 거의 없어도 토지 매각을 꺼려온 게 사실이다.

교육부 관계자는 “수익성이 낮은 토지를 수익이 많이 나는 다른 재산으로 대체하려고 해도 높은 세금 때문에 대체 취득이 어렵다는 대학 측의 건의가 있어 재경부에 ‘조세감면 건의서’를 지난 5월말 제출했다”며 “사립대 세제 혜택 방안의 하나로 추진하고 있다”고 말했다.

재경부 법인세제과 담당자는 “법인세 감면의 필요성과 조세형평성 등을 양 부처 실무 차원에서 검토하고 있는 상태”라며 “부처간 협의 등을 거쳐 7월 중에는 결론이 날 것”이라고 말했다.

한국사학진흥재단에 따르면 2006년 3월 1일 현재 4년제 사립대가 보유하고 있는 수익용 토지는 2억73만9,944㎡이며 이 중 94.7%가 임야이다. 하지만 평가금액은 공시지가 기준으로 6,835억7,700만원이고 여기서 나온 연간 수입액은 총 1억3,300만원에 불과할 정도로 수익성이 떨어진다.(위 표 참고)

학교법인 한양학원 이학봉 경리과장은 “사립대 자산 구성의 건전성을 위해서는 저수익용 재산을 고수익성으로 전환할 필요성이 절실하다”며 “4년제 사립대가 보유하고 있는 비사업용 토지 등을 전부 매각할 경우 약 2,115억원의 법인세(주민세 포함)를 절감할 수 있어 학교 재정 및 교육환경 개선에 기여할 수 있는 효과가 크다”고 강조했다.(아래 표 참고)

법인세 감면이 확정될 경우 올 정기국회 때 조세특례제한법 개정을 거쳐 내년부터 시행될 것으로 보인다.