BTO(Build-Transfer-Operate)나 BOT(Build-Operate-Transfer) 등 민자유치사업으로 기숙사를 지어왔던 대학들의 한 가지 고민이 해결될 전망이다.

최근 민자유치를 통해 기숙사를 건립했거나 건립중인 대학들은, 학교가 민간사업자에게 기부채납을 받아 관리 운영권 등을 넘겨주는 과정에서 부가세가 부과되는 데에 불만을 제기해 왔다. 총 사업비에 대한 부가세를 납부하고도 이후 기부채납 과정에서 또다시 부가세를 납부해야 하는 '이중과세'에 대한 불만이었다.

그러나 지난달 23일 재정경제부에서는 BTO 방식의 민자기숙사 사업에 대해 부가세가 면세된다고 유권해석을 내려, 향후 대학의 민자사업에 활력이 붙을 전망이다.

재경부의 이번 유권해석은 지난 1월 건국대, 경희대, 서강대, 한양대 등 9개 대학 총장들이 '사립대학이 민간사업자에게 운영권을 주는 과정에서 발생하는 부가세가 과세대상인지에 대한 여부'를 질의한 데에 따른 것이다. 여기에는 초기의 BTO방식도 포함하는 내용이 담겼다.

지난 2004년 10월 국내 처음 민자유치로 기숙사 공사를 시작한 한양대(안산)와 2005년 4월 공사를 시작한 건국대(충주)가 이에 해당한다. 학교가 민간사업자로부터 건축공사비를 현금으로 기부 받아 건물을 시공한 뒤, 일정기간 민간사업자에게 관리운영권을 부여하는 방식이다. 재경부는 이 부분에 대해 "조세특례제한법(108조1항8호)에서 규정하는 '사회기반시설에 대한 민간투자법'(4조1호)에 의한 민간투자방식사업에 해당한다"고 답변했다.

재경부는 또한 최근 대학들이 활용하는 BTO사업방식도 면세대상으로 인정했다. 민간사업자가 기숙사를 완공한 후 소유권을 대학에 이전하고 일정기간 기숙사를 운영해 투자비를 회수하는 방식이다. 건국대(서울)와 경희대, 서강대 등이 이 방식으로 기숙사를 건립중이거나 건립했다. 여기서는 대학이 기부채납을 받고, 기숙사운영권을 넘겨주는 과정을 거래행위로 간주, 부가세가 부과된다는 문제가 있었다. 재경부는 이에 대해서도 "관리운영권(간주임대료)의 경우 부가가치세가 면세된다"고 유권해석을 내렸다.

재경부의 이런 유권해석이 나온 뒤에도 일부 대학들은 자신들의 경우가 면세대상에 해당되는지에 대한 확신을 갖지 못했다. 특히 조세특례제한법(106조1항8호)이 2005년 12월31일 신설돼, 그 이전에 사업을 시작한 건국대(충주)나 한양대(안산)가 이런 고민을 가졌다.

이는 조세특례제한법이 "교육인적자원부장관의 추천을 받은 자가 '사회기반시설에 대한 민간투자법(4조1호)'을 준용해 건설된 학교시설(고등교육법 2조 규정에 의한)을 이용해 제공하는 재화 또는 용역"에 한해 부가세를 면세하고 있기 때문이다. 국세청 관계자도 "조특법을 엄격히 적용하면 △교육부 장관의 추천 △민간투자법에서 정하는 방식에 의한 건설 △고등교육법상의 학교시설 등 3가지 요건을 모두 충족해야 한다"고 밝혔다.

건국대(충주, 서울)와 한양대(안산) 등의 경우에는 여기서 규정하는 '교육부장관의 추천'은 받지 못했다. 이는 교육부가 2005년 3월  '민자유치 활성화 지침'을 확정하기 이전에 시작된 사업들이기 때문이다.

국세청도 지난 1월 건국대에 보낸 질의회신에서 "학교법인이 민간투자법 방식을 준용해 건설된 학교시설의 소유권을 이전받고, 그 대가로 당해 사업자에게 일정기간 시설의 관리운영권을 부여하는 경우 부가가치세법(7조1항)에 의해 부가세가 과세된다"고 밝힌 바 있다.

그러나 재경부의 유권해석이 나온 뒤 국세청도 이 부분에 대해서 포괄적 해석을 하려는 조짐을 보인다. 국세청 관계자는 "국세청은 법을 집행하는 기관이기 때문에 법적용을 엄격하게 할 수밖에 없다. 특히 면세에 관한 부분은 더욱 그렇다"며 "그러나 재경부에서 면세해주자는 쪽으로 유권해석을 내렸기 때문에 '교육부장관의 추천'을 받지 않았더라도 면세를 해줘야 할 것"이라고 답했다. 이 관계자는 "이미 국세청의 답변을 받아 부가세를 납부한 경우에도, 재경부의 해석을 근거로 부가세 환급을 요구할 수 있을 것"이라고 덧붙였다.

한 사립대 관계자는 "민자유치사업자가 대학에 투자할 때 가장 고려하는 것이 사업성"이라며 "부가세 면세로 사업에 들어가는 비용이 절약된다면 사업성이 올라가 대학에 대한 민간투자가 활성화될 것"이라고 전망했다.