대전지검은 이날 양 총장이 뇌물 및 횡령자금 가운데 6,400만원을 개인적으로 사용했다고 밝히고, 양 총장을 특정범죄 가중처벌 등에 관한  뇌물 등 혐의로 구속 기소했다.

대전지검 관계자는 "양 총장이 제자나 친척, 지인 등의 명의로 개설한 4개의 차명계좌에 지난해 10월부터 올 4월까지 정책연구 수행 교수들로부터 받은 뇌물이나 횡령자금 6,400만원을 입금한 사실이 확인됐다"고 밝혔다. 양 총장은 이렇게 입금된 돈을 자신의 부동산 임차자금이나 지인의 자동차 구입대금 등으로 소비한 것으로 드러났다. 나머지 2,200만원은 수사가 개시된 후 인출해 금융기관의 개인 대여 금고에 보관해 온 것으로 알려졌다.
검찰은 양 총장측이 그동안 주장해온 '활동비 용도로 사용'에 대해서는 근거를 확인할 수 없다고 밝혔다. 

양 총장은 정책연구 수행 교수로부터 직접 연구비 계좌의 현금카드를 받아 3,900만원을 인출해 사용하는 방법으로 횡령을 했다. 교수들이 자신의 계좌로 연구비 1,800만원을 이체토록 하거나 교수가 직접 인출한 현금을 받아 사용한 것도 3,400만원에 이른다.

검찰은 "양 총장은 교수들을 직접 면담하거나 보직교수를 통해 전달하는 방법으로 돌려받을 연구비 액수를 지정했다"고 밝혔다. 양 총장측은 이에 대해 "총장 대외활동비가 부족한 사실을 안 측근 교수들이 자발적으로 건낸 돈"이라며 "자신이 먼저 교수들에게 정책연구비 반환을 요구한 일은 없다"고 부인하는 것으로 알려졌다.

그러나 검찰 관계자는 "정책연구비는 학생들이 낸 기성회비이므로 연구비 유용은 결국 학생들이 납부한 돈을 유용한 것"이라며 "이번에 연구비 집행이 제대로 감독되지 않고 있음이 확인됐기 때문에 대학측의 철저한 관리감독이 요구된다"고 말했다.

특히 검찰은 양 총장에게 연구비를 돌려주거나 돈을 건넨 교수들의 명단을 교육인적자원부에 통보할 예정이어서 충남대에 대한 대대적 감사가 예상되고 있다. 김원식 충남대 교수회장은 "이번 일로 교육부의 강도높은 감사를 피할 수 없을 것"이라며 "기소 이후에는 양 총장에 대한 직위해제가 가능하기 때문에 직무대행체제로 갈 수 있다"고 말했다.

앞서 양총장은 지난 18일, 자신이 이사장으로 있는 충남대병원 원장 등에게 작년 6월 이사장 품위유지비 명목으로 4천만원을 요구, 1천만원을 받고, 2005-2006년 정책연구 수행교수들에게 지급된 연구비 중 9천100만원을 돌려받은 혐의로 구속됐다.