사학기관의 재무제표는 자금계산서, 대차대조표, 운영계산서 등 3가지로 구성된다. 사립대학 재무제표는 다음의 5가지 회계원칙에 근거, 작성된다.(특례규칙 제15조)

첫째, 복식부기에 의한 회계처리. 단식부기는 현금(예금)수지 시점을 기준으로 수입과 지출을 정리한다. 수지계산에 덧붙여 필요한 경우, 자산과 부채를 재산목록이나 부채대장에 따라 관리한다. 규모가 큰 경우, 현금수지 뿐 아니라 미수금 관리나 미지급금 관리 등 자산이나 부채도 정규 장부에 체계적으로 관리한다.

현금이 입금되면 왜 입금 됐는지 출금이 이뤄지면 그 원인은 무엇인지를 자동적으로 파악할 수 있도록 한 것이 복식부기이다. 회계기록을 함에 있어 반드시 원인과 결과 즉, 왼쪽과 오른쪽 양쪽을 동시에 기록하는 것이 복식부기이다.
다만 기타회계의 경우, 등록금회계와 달리 예산규모 및 관리인원 등이 적으므로 현금 수지만 체계적으로 기록하는 단식부기를 원칙으로 한다. 일정규모 이상의 기타회계에 대해서도 복식부기로 처리하는 것이 바람직하다.

둘째, 신뢰성 원칙이다. 신뢰성(Reliability)이란 회계정보에 대해 오류와 편기(Bias)가 없어야 한다는 내용이다. 객관적 자료와 증빙, 증거 등에 의해서 회계처리가 이루어짐으로써 대내외적으로 회계정보에 대해 검증 가능할 수 있어야 한다.

셋째, 명료성 원칙이다. 이 원칙은 회계정보를 전달하는 재무제표의 양식 및 과목 그리고 기타 회계용어가 회계지식을 어느 정도 가지고 있는 자에게는 명확하게 이해될 수 있도록 가능한 한 쉽게 표현되어 한다.

넷째, 계속성 원칙이다. 대학 간 또는 기간별로 동일한 경제적 사건에 대해서는 동일한 회계처리가 이루어지고 서로 다른 사건에 대해서는 서로 다른 회계처리가 이루어져 상호비교가 가능할 수 있도록 회계처리가 이뤄져야 한다.
예를 들어 지난 회계연도 수령한 ‘예금이자’를 예금이자 과목에 처리했으면 올해에도 그 과목으로 정리해야한다. 또 A대학은 예금이자를 총액으로 표시하고 B대학은 세금을 제외한 순액만을 예금이자로 표시한다면 대학 간 비교가 어렵게 된다.

다섯째, 중요성 원칙이다. 어떤 정보가 정보이용자의 의사결정에 영향을 미치게 되면 그 정보는 중요(Material)하다. 재무제표의 작성과 공시가 중요성의 개념 하에 이뤄져야 한다는 내용이다. 예를 들면 관·항·목의 분류를 너무 줄여서도 안 될 뿐 아니라 너무 자세하게 하는 것도 재무제표 이용자의 이해를 어렵게 할 수 있어 바람직하지 않다.