내년부터 법인의 기부금 손금인정 한도가 현행 75%에서 100%로 확대되고, 사립대가 BTO방식으로 기숙사를 건립할 경우 관리운영권에 대해서도 부가가치세가 면제된다.

하지만 개인이 대학에 기부하는 소액 기부금도 정치인에 대한 기부와 마찬가지로 세액공제를 허용해야 한다는 ‘희망사항’은 이번에도 좌절됐다.

재정경제부는 지난 22일 각 부처에서 올라온 세제 감면·개선 요구사항을 종합해 내년도 세제개편(안)을 확정·발표하고, 9월 정기국회에 관련 세법 개정안을 제출할 예정이라고 밝혔다.

‘2007년 세제개편(안)’에 따르면, 내년부터 대학이 전액 출자한 영리법인이 수익을 대학에 출연하는 경우 전액 손금으로 인정돼 세금을 내지 않아도 된다. 지금까지는 75%까지만 손금으로 인정해왔다.

재경부는 “대학이 전액 출자해 설립한 기업이 출연하는 금액만 전액 손금으로 인정하고 일부만 출자해 설립한 기업의 경우 기부금으로 처리돼 현행처럼 75%까지만 손금으로 인정된다”고 밝혔다.

사립대가 민자유치를 통해 건립한 시설을 기부 채납 받을 경우 종전에는 이에 대한 부가가치세만 면제됐으나 내년부터 민자사업자에게 부여하는 관리운영권에 대해서도 부가세가 면제된다. 올해까지였던 민자사업에 대한 부가세 면세 기간도 2010년으로 연장됐다.

사학법인의 주식소유 한도도 현행 5%에서 20%로 올라간다. 내년부터 산학협력단이 설립하는 산학협력 기술지주회사의 경우 예외를 인정해 20%까지는 의결권 있는 주식을 소유할 수 있도록 할 방침이다.

하지만 대학이 수익성이 낮은 토지 등을 팔아 고수익용 자산으로 대체 취득할 수 있도록 양도차익에 대한 법인세를 면제해 달라는 요구는 받아들여지지 않았다. 수익용 기본재산으로 보유 중인 토지·건물을 팔아 1년 이내에 대체자산을 취득할 경우 양도차익에 대한 법인세를 3년 거치 3년 균등분할 방식으로 납부하도록, 납세 방법만 바뀐다. 주식이나 채권 등 투자자산을 취득하는 경우에는 이 같은 과세이연 대상에서 제외된다.

대학의 기부문화 활성화를 위해 개인의 소액기부금에 대해 정치 후원금과 마찬가지로 세액공제 허용을 추진하겠다는 교육당국의 공약은 없던 일이 됐다. 개인 기부금에 대한 세액공제는 김신일 교육부총리도 여러 차례 밝혔던 사안이다. 재경부는 대신 현재 10%인 소득공제 한도를 2008년 15%, 2010년 20%로 확대하겠다고 밝혔다. 교육연구용 기자재에 대한 부가가치세 면제 요구도 반영되지 않았다.

세제개편(안)에는 이밖에 대학이 소속 교직원에게 지급하는 직무발명 보상금에 대한 비과세, 지방대학 맞춤형 교육을 위한 지출에 대한 연구인력개발 세액공제 허용, 기업이 지방대에 기부하는 연구개발 설비에 대한 세액공제 등이 포함됐다.