사립대학의 경우 고정자산 및 투자자산의 증가와 감소에 대한 회계처리는 매우 독특하다. 사립대학에서 ‘기본재산’이란 사학기관의 운영에 필수적이고 기본적으로 갖춰야 할 재산이다. 교육용 기본재산과 수익용 기본재산으로 구분된다. 교육용 기본 재산은 교육에 필수적인 교사(校舍)와 교지(校地) 등을 일컫는다. 수익용 기본재산은 이익을 창출하여 교육에 사용하기 위해 소유하는 임대건물 등 부동산을 뜻한다. 사립학교법에 따르면 학교법인이 소유하는 부동산은 무조건 기본재산이 된다. 사학의 기본재산은 원칙적으로 처분할 수 없다. 부동산은 아니지만 이사회에서 특별히 기본재산으로 지정, 관리하는 것이 필요하다고 결의한 재산도 기본재산이 된다. 주식, 특정기금 등이 대표적이다.

‘보통재산’이란 사학이 소유하는 모든 재산 중 기본재산을 제외한 나머지를 말한다. 기본재산이 아닌 비품, 기계기구 등의 유형고정자산과 일반적 재산이 이에 해당한다.

사학의 고정자산에 대한 회계처리는 어떻게 다를까? 사학의 대차대조표 상 왼쪽(차변)에 계상되는 고정자산 금액의 합계액과 오른쪽(대변)에 표시되는 출연기본금의 합계 금액은 반드시 일치하도록 처리한다. 출연기본금은 다시 설립자기본금(법인)계정과 기타기본금계정의 2가지로 구분한다. 설립자기본금은 교육에 필수적으로 갖춰야할 고정자산과 동일한 금액을 대차대조표의 오른쪽(대변)에 표시하는 것이다. 기타기본금은 그 외 고정자산 금액에 동일한 금액을 대응, 표시하는 계정과목이다.

사학의 부동산에 대한 소유권은 학교법인에 있다. 교비회계에서 사용하는 교지와 교사(校舍) 등의 부동산이라 하더라도 해당 금액을 법인회계에 등재시킨다.
총장 또는 학장이 관장하는 등록금회계에서는 대차대조표 오른쪽 계정과목은 ?설립자기본금?이라는 계정과목 대신 ?법인?이라는 계정과목을 사용한다. 이에 비해 이사장이 관장하는 법인회계에서는「설립자기본금」이라는 원래의 계정과목으로 표기한다.

이 때 부동산인 기본재산은 법인계정(법인회계에서는 설립자기본금계정)과 대응시키고, 나머지 기본재산은 기타기본금 계정과목과 대응시킨다. 이를 대차대조표상에 예시하면 다음과 같이 된다.



대차대조표상에서 토지 등 부동산 금액 2,000원과 법인금액 2,000원은 상호 일치하게 된다. 비품 400원과 투자유가증권 500원의 합계 900원은 기타기본금 금액과 일치한다. 특정기금 800원과 적립금 800원도 상호간 일치시켜야 한다.

결국 대학회계는 일반기업과 달리 감가상각을 하지 않는 대신 ▲언제나 ?고정자산 금액 = 기본금(기타기본금 포함) 금액?의 등식이 성립되도록 회계 처리한다. 또한 ▲일반기업회계에서 사용하지 않는「기본금(기타기본금)대체」라는 운영계산서 계정과목을 사용한다는 점이 독특하다. 고정자산 구입자체는 비용이 아닌 지출이므로 고정자산구입에 대해 감가상각도 하지 않은 채 아무런 조치를 취하지 아니하면 결과적으로 그 금액만큼 운영차액(일반기업에서의 당기순이익 개념)이 늘어나 오해의 소지가 되기 때문이다.