2006년 과학기술부가 시행한 3대 연구개발사업에서 서울대는 가장 많은 643억원이 투입됐지만 특허와 학위배출 등의 실적에서 상대적으로 적은 연구비가 투입됐던 KAIST, 포스텍, 한양대, 부산대 등은 물론 연구비 지원이 3분의 1에서 5분의 1 수준에 불과한 경북대, 충남대, 인하대 등에도 크게 못 미치는 것으로 드러났다. 점유율에서는 대학 가운데 가장 앞서는 등 수적으로는 많았지만 지원금 대비 실적에서는 밀리는 경향이 뚜렷하게 나타났다.

이는 한국과학재단이 최근 내놓은 '2007 과학기술부 연구개발사업 성과보고서'의 분석 결과에서 밝혀졌다.

연구비 1억원당 특허등록 실적이 가장 우수한 대학은 기초과학연구사업의 경우 경상대(0.55건), KAIST(0.52건) 등이었으며 특정연구개발사업에서는 한양대(0.82건), 부산대(0.73건), 원자력연구개발사업에서는 서울대(0.18건), KAIST(0.14건) 등의 순이었다. 학위배출도 연구비 1억원당 실적이 가장 우세한 대학은 기초과학연구사업의 경우 경북대와 충남대였으며 특정연구개발사업에서는 부산대와 광주과기원으로 나타났다.

서울대는 과학기술부로부터 2006년 기초과학연구사업, 특정연구개발사업, 원자력연구개발사업 등 3대 연구개발사업에서 전체 특허 출원 287건, 특허 등록 203건으로 대학 가운데 수적으로는 가장 앞섰다.

그러나 사업별로 연구비 1억원당 실적은 연구비 지원이 적었던 다른 대학에 비해 질적으로 떨어지는 것으로 나타났다. 기초과학연구사업의 경우 특허 등록이 서울대 0.31건으로 경상대(0.55건), KAIST(0.52건), 인하대(0.46건), 포스텍, 성균관대(이상 0.34건) 등에 확실히 밀리는 경향을 보였다.

특정연구개발사업에서도 이같은 상황은 마찬가지였다. 특허 등록이 100건으로 가장 많았지만 연구비 1억원당 특허등록은 0.33건으로 한양대의 0.82건, 부산대의 0.73건, 포스텍의 0.71건 등에 크게 못 미쳤다. 원자력연구개발사업 특허등록의 경우만 0.18건으로 유일하게 비교적 나은 성과를 거뒀다.

학위배출 실적에서도 서울대는 박사 286명, 석사 589명을 배출, 점유율에서도 각각 19.7%, 14.3%를 차지해 가장 많았다. 그러나 연구비 1억원당 실적에서는 기초연구개발사업의 경우 박사는 0.45명, 석사는 1.08명으로 박사배출은 경북대(0.91명), 충남대(0.71명), KAIST(0.64명) 등에 비해 적잖게 뒤졌고 석사배출은 경북대(1.83명), 충남대(1.82명), 부산대(1.78명), 고려대(1.66명) 등에 미치지 못한 것으로 나타났다.

특정연구개발사업 석사배출 실적도 연구비 1억원당 0.76명으로 부산대(1.97명)의 39%에 불과했고 원자력연구개발사업에서도 연구비 1억원당 석사인력 0.73명 배출에 그쳐 경희대(0.95명), KAIST(0.84명), 한양대(0.75명) 등에 밀려났다. 특정연구·원자력연구개발사업 등 두 사업의 박사 배출 실적(0.4명, 0.95명)에서만 서울대는 다소간 우세를 보일 뿐이었다.

연구비의 효율성을 따진다면 지난 2006년 과기부 3대 연구개발사업에서 다른 대학들에 비해 서울대에 이뤄졌던 압도적 지원이 그다지 효율적이었다고 평가하기 어렵다는 지적이다. 

한편 이화여대는 기초과학연구사업에서 90억원, 특정연구개발사업에서 43억원 등 총 134억원이 투입됐지만 연구비 1억원당 특허와 학위배출 실적에서 극히 저조한 성과를 나타냈다.

기초과학연구사업에서 연구비 1억원당 특허 등록은 0.19건에 불과했으며 특정연구개발사업에서는 0.20건에 그쳤다. 3개 사업을 통틀어 특허 등록은 26건이고 점유율은 1.3%에 머물렀다.

이화여대는 학위배출도 기초과학연구사업의 경우 1억원당 박사 0.22명, 석사 0.66명, 특정연구개발사업에서 박사와 석사 각각 0.14명, 0.57명으로 전체적으로 박사 점유율 1.8%, 석사 점유율 2.1%라는 저조한 성과에 그쳤다.