2006년 국가재정법이 제정됐고, 국가회계법도 2007년 국회를 통과했다. 이에 따라 우리나라 모든 국가기관은 발생주의 복식부기제도를 도입하게 된다. 발생주의 복식부기는 더 투명하고 알기 쉽게 나라 살림을 국민에게 보고하기 위한 제도이다. 그런데 국립대학은 일반 국가기관과 사정이 전혀 다르다. 국가기관은 국비만 가지고 예산을 편성하고 집행한다. 그러나 국립대학은 국가에서 지원하는 국고 이외에 비국고(기성회계)라는 또 하나의 주머니가 있다.

이처럼 재원이 이원화돼 투명성이 확립되지 못하고 단식부기 위주의 낙후된 국립대학 회계문제에 대해 감사원은 국립대학 감사 때마다 그 개선을 요구했고, 이를 해결하기 위해 지금까지 다양한 방안이 강구돼 온 것이 사실이다. 즉, 국고회계와 비국고회계(기성회비)를 통합해 복식부기로 처리하되 회계제도만 정부회계에서 분리시키는 방법을 토대로 한 ‘국립대학 특별회계법(안)’이나 법인화를 통해 국립대학 자체를 국가기관에서 떼어 내 별도로 회계 처리해 문제를 해결하려는 국립대학법인화 노력 등이 그것이다.

하지만 국립대학법인화 문제는 20여년 이상을 끌어왔음에도 여전히 가닥을 잡지 못하고 있다. 다만 ‘국립대학법인 울산과학기술대학교 설립·운영에 관한 법률 및 동 시행령(2007)’과 같이 개별적인 국립대학법인화가 이루어졌을 뿐이다. 따라서 국립대학회계 문제는 아직까지 미해결 상태로 남아있는 셈이다.

국립대학에 대해 국가재정법에서 규정한 국가조직으로서 성과평가를 시행하기 위해서, 그리고 국립대학의 투명한 재정공개와 함께 학부모에게 사립대학과도 비교 가능한 회계정보를 제공하기 위해서는 당연히 국고부분과 비국고를 통합하고, 이를 복식부기 발생주의 회계제도로 처리하는 제도를 마련해야 한다.

사립대학은 이미 1982년부터 복식부기를 적용해왔으며, 현재 기존의 틀을 대폭 수정·보완해  더 쉽게 대학회계정보 이용자가 원하는 정보를 제공하기 위한 작업을 진행 중이다. 미국은 오래 전부터 사립과 주립대학 모두가 양자 간 비교 가능한 발생주의 회계제도를 바탕으로 제도화돼 있으며, 일본도 2004년 시행된 국립대학법인회계기준을 통해 사립대학과 비교 가능한 발생주의 복식부기로 전환한 바 있다.

국립대학의 국고와 비국고(기성회비)를 통합한 회계기준이 없는 상태에서 국가회계법에 따라 국고부분만 발생주의 복식부기로 전환한다면 오히려 혼란만 가중될 것이다. 이렇게 되면 국고부분만 새로운 회계제도에 따라 이루어지고 기성회비부분은 그대로 남아있게 되기 때문이다.

학부모에게 국립대학이건 사립대학이건 재정건전성과 운영성과 및 등록금환원율 등을 상호 비교할 수 있는 회계정보를 제공하려면 국립대학의 국고회계와 비국고회계를 통합하고 이를 발생주의 복식부기로 제도화해야 한다. 이를 위해 새 정부는 조속히 국립대학법인화 문제를 해결하여 국립대학회계제도를 개혁하거나, 아니면 앞으로 탄생할 국립대학법인이건 그대로 남아있을 일반국립대학이건 간에 양자에 공통적으로 적용 가능한 회계제도를 제정하기 위한 기구를 설치·운영해 국립대학의 경쟁력 향상을 도모해야 할 것이다.