제주대에 따르면 모집인원 2,251명 중 2,249명이 등록했으며 단 2명만이 등록을 포기했다. 2006학년도 신입생 등록률은 98.2%다.

인문대학 인문·사회학과군이 99명 모집에 98명 등록했고 공과대학 식품생명·생명화학공학학과군이 53명 모집 중 52명이 등록했다. 다른 모집 단위는 모두 100% 등록률을 기록했다.