하지만 이 신임 교육부총리는 서울대 총장 재직시 교수협의회에서 이례적으로 총장 중간평가를 실시하는 등 구성원들과 계속해서 마찰을 빚은 사례가 있으며 결국 임기 중 중도퇴진이라는 오명을 남기기도 했다.
이 신임 교육부총리가 총장직을 수행하던 시절, 입학관리본부장을 역임했던 유영재 서울대 교수(응용화학)는 이 신임 교육부총리에 대해 '흐름을 알고 변화를 일궈내는 사람'으로 표현한다. 유 교수는 "이기준 전 총장은 다른 사람보다 한 발 짝 앞서가기 위해 노력한다"면서 흐름과 변화에 능동적으로 대처하는 리더십을 가진 인물이라고 평했다.
또 유 교수에 따르면 이 신임 교육부총리는 서울대가 세계 무대에서 경쟁할 수 있는 대학이 되는 것은 물론 우리나라에 세계에서 경쟁할 수 있는 연구중심대학이 10개 이상은 나와야 한다며 국내 대학의 국제경쟁력 강화를 한결 같이 주장한 것으로 알려졌다. 이를 위해 이 신임 교육부총리는 대학은 연구중심대학이 돼야 하고 이를 지원하는 행정체제도 선진화, 효율화 돼야 한다고 강조했다고 유 교수는 말했다.
이와 관련 실제 이 신임 교육부총리는 서울대 총장 시절, 서울대의 국제 경쟁력 강화를 위해 부단히 노력했으며 이공계분야 연구논문수가 세계 35위 수준까지 상승하는 등 성과도 만만치 않았다.
유 교수는 "이기준 전 총장이 총장임기를 다 수행하지 못했다는 사실이 큰 변화에 영향을 미치지 못할 것"이라면서 "대학이 잘 되려면 초중등 교육도 잘돼야 하는 만큼 초중등 교육에도 관심을 갖고 대학에서 가졌던 생각을 적절하게 적용해 주길 바란다"고 당부했다.
하지만 이 신임 교육부총리가 서울대 총장 시절 구성원들과 계속 마찰을 일으켰다는 사실에 이 신임 교육부총리에 대한 우려의 목소리와 그 때의 경험이 좋은 교훈이 될 것이라는 기대의 목소리도 나오고 있다.
이 신임 교육부총리는 당시 총장 시절 교수정원, BK21 자원 배분 등과 같은 사업을 추진하면서 구성원들과 계속해서 갈등을 빚었으며 서울대 사상 최초로 교수들이 현직 총장에 대한 중간평가를 실시하기도 했다.
당시 교수협의회 회장을 지냈던 최종태 서울대 교수(경영)는 "이기준 전 총장은 매우 합리적이고 추진력이 있는 인물"이라며 "그러나 일을 추진하는 과정에서 구성원들의 의견수렴이 부족하고 일의 현실성이 떨어져 이런 부분이 업무추진에 있어 마찰 가능성이 있을 수 있다"고 말했다.
최 교수는 "총장 시절에도 임기를 다 마치치 못한 이유는 복합적인 이유가 있었는데 대학 개혁을 실천하는 과정에 있어서 순차적인 단계를 밟지 못했다"고 설명했다.
하지만 최 교수는 "당시의 경험이 이 전 총장에게는 좋은 교훈이 됐을 것으로 믿는다"면서 "그 때를 거울 삼아 부족한 부분을 보완해 앞으로 교육부총리직을 잘 수행할 것으로 본다"고 이 신임 교육부총리에 대한 기대를 표했다.