대학원 학생정원 조정 주요내용에는 일반대학원 박사과정에 호텔·관광·외식경영학과를 신설하고, 석사과정에 경찰행정학과, 금융보험학과, 재무부동산학과(재무부동산+도시공학), 지능시스템공학과(메카트로닉스공학+전자공학)를 신설한다.

그리고 박사과정의 정보산업공학과를 산업경영공학과로, 컴퓨터·소프트웨어공학과를 컴퓨터응용공학과로 학과 명칭을 변경하고, 석사과정은 호텔관광경영학과를 신설하는 호텔·관광·외식경영학과와 공동으로 개설하고, 정보산업공학과를 산업경영공학과로, 컴퓨터·소프트웨어공학과를 컴퓨터응용공학과로, 신소재공학과를 신소재·나노공학과로 학과 명칭을 변경할 계획이다.

2006학년도 입학정원은 영상정보대학원의 석사과정 5명을 축소하고 일반대학원 석사과정에 5명을 증원하여 2백1명을 모집하며, 전체 모집정원은 변동은 없다.

그 외 행정대학원, 경영대학원, 교육대학원, 영상정보대학원의 변동사항은 없고 산업대학원의 정보산업공학과를 산업경영공학과로 학과 명칭을 변경한다.

동의대의 이번 2006학년도 대학원 학생정원은 석사과정 95개학과에 3백74명, 박사과정 26개학과에 63명 등 총 1백21개 학과 4백37명을 모집하게 된다.