2단계 BK21이 성공하려면 어떻게 해야할까? 사업목표 이해와 평가의 공정성과 일관성을 유지하기 위하여 기획 및 선정 위원을 포함한 분야별 평가위원회를 상설화 한다. 또한 전문성 있는 평가자 확보, 객관적평가, 평가체제 관리 및 유지, 데이터베이스 관리 분석을 위해 평가에 관한 전반적인 행정업무를 담당할 전담기관(가칭 평가관리센터)을 운영한다.

DB화는 연차별 종료시점에 석·박사 학생, 신진연구인력, 교수 등에 대한 지원 사항, 취업률, 연구력 관련 자료 등을 DB 화하여 사업성과를 각 사업단(팀)별로 입력하도록 하고, 중간평가에 국한하지 않고 전담기관의 상설평가위원으로부터 사업성과의 적절한 평가와 개선안을 도출하여 통보하도록 하는 평가 자율순환시스템을 구축하도록 한다.

평가관리는 통제에 있는 것이 아니라 사업성과를 극대화 할 수 있도록 유도하고 지원하는데 있도록 되어야 한다. 이를 위해 전문 인력 및 지원기능을 갖춘 평가관리 실무업무를 수행할 수 있도록 상설화된 기구의설치가 필요하다.

담당기구에서는 종합정보관리시스템을 구축하여 BK21 사업과 관련된 다양한 DB를 구축 관리하여 성과평가를 위한 지표로는 계량지표 뿐만 아니라 질적 수준을 평가할 수 있는 정성적 지표를 적극 포함할 필요가 있다.

물론 정성지표는 평가자의 주관이 개입 할 수 있으므로 공정성 등에서 논란이 있을 수 있다. 그러나 평가의 용이성을 이유로 계량지표에 치중한다면 평가 본연의 목적, 즉 평가를 통한 사업성과의 극대화를 달성하기는 힘들다. 따라서 사업성과의 타당한 평가를 위하여 필요하다면 질적 측면을적극적으로 평가하는 것이 필요하다. 이를위해서는 평가자의 전문성과 공정성이 중요함은 물론이다. 따라서 질적인 평가의 적극적 활용을 위해서는 평가자의 선정과 교육이 매우 중요할 것이다.

사업단(팀)별로 매년 사업운영 결과를 사업단 자체적으로 평가하고 개선점을 도출하여 이를 환류 하도록 해야 한다. 사업평가의 목적은 사업성과를 극대화 하는데 있다. 사업성과를 극대화하기 위하여 사업의 장단점을 분석하고 개선점을 도출하는데 외부 평가자에 의한 평가만으로는 한계가 있다. 문제점을 파악하여 개선안을 도출하는 것은 실제 사업을 수행한 사업단 스스로가 가장 잘 할 수 있을 것이다. 따라서 사업단 스스로의 자체평가체계를 구축하여 문제점을 분석하고 개선안을 도출하여 환류 하도록 하는 것은 사업성과의 향상을 위하여 매우 필요하다.

끝으로 2단계 BK21 사업을 포함한 모든 국가 지원 사업이 효과적이고 공정하게 운영되어 사업성과의 극대화를 도모하기 위해서, 나아가 사회적 신뢰를 얻기 위해서는 평가의 투명성과 공정성을 확보해야한다. 공정한 평가 체제를 저해하는 요인을 제거하고, 평가의 공정성과 다양성을 확보하기 위하여 평가위원의 선정 단계부터 평가위원연수, 평가체제에 이르기 까지 투명하고 공정한 체제가 마련되어야한다.