교수노조는 지난 2001년 11월 출범 이래 대학의 자치와 교육혁명 등을 위해 활동해왔다. 2005년 10월7일 노동부에 노조 설립신고서를 제출했으나 노동부가 '대학교원의 노동조합 설립 또는 가입은 법적으로 허용되지 않는다'는 이유로 교수노조 설립신고서를 반려했다. 이에 교수노조는 “초·중·고 교원과 달리 대학교수의 노동조합 결성권을 인정하지 않고 노조설립신고서를 반려한 것은 대학교수에 대한 합리적 이유 없는 차별"이라며 국가인권위원회에 진정서를 냈다.

국가인권위원회는 지난 9일 "헌법과 국제인권법에 합치하도록 대학교수의 노동기본권 보장을 위한 적절한 입법조치 활동이 필요하다"는 결정문을 국회의장에게 전달했다.

99년 7월 시행된 교원노조법과 지난 1월말 공무원노조법이 제정되면서 현재 초·중·고 교원은 물론 공무원도 합법적인 노조 활동이 가능하다. 이에 따라 그동안 대학교수의 노동기본권 보장에 대한 형평성 논란이 있었다.

교수노조 관계자는 "대학교수도 근로자인 이상 노동기본권의 원천적 제한은 헌법상 보장된 노동3권에 대한 침해"라며 "교수노조의 합법화와 노동3권 보장을 위한 입법을 주장한다"고 말했다.