산학협력이라고 할 때, 좁은 의미로 기업과 대학간의 협력을 말하는 산학협동연구와 좀더 넓은 의미로 기업과 대학, 그리고 연구소와 정부라는 각각의 혁신주체들간의 협업을 의미한다. 대학의 입장에서는 연구소와의 협업보다는 정부와 기업이 가장 큰 비중을 차지하고 있는데 대체로 정부쪽 R&D예산이 90%가까이 차지하고 있고 기업측면은 10%내외로 여전히 기업과의 협력은 낮은 편이다. 국가 전체 R&D예산 측면에서 살펴보면 2005년 현재 대학은 국가전체 박사학위자의 61.9%가 연구활동을 수행하고 있으나, 국가 전체 R&D 예산의 9.9%만을 사용하고 있다.(한국산업기술진흥협회, <2006년판 산업기술백서>) 고급인력의 집중에 비해 예산의 투입이 현저하게 낮은 것은 여전히 되풀이 되고 있다. 지식기반사회의 도래와 그 핵심구성요소를 강조한 피터드러커는 지식을 “자기가 현재 하고 있는 일을 개선, 개발, 혁신하여 부가가치를 창출하는 일”이라 하였다. 산학협력의 궁극적인 목적은 부가가치가 있는 지식을 생산하는 일이다. 과거의 연구활동과는 달리 오늘날 대학에 진입하는 신진연구인력들은 응용연구에 있어서 이러한 지식을 창출하는데 많은 관심을 보이고 있으며, 과거의 응용연구와 달리 시장환경을 반영한 연구활동을 활발히 수행하고 있다. 내부 장애요소가 혁신에 의해 빠른 속도로 제거되고 있는 것은 최근 3년간 기술이전 실적이 이를 반증하고 있다. 대학에서의 산학협력이 좀더 활발히 이루어지고 기업과의 산학협동연구가 증대되기 위해서는 몇 가지 검토해봐야할 문제점이 있다. 정부 R&D 예산의 효율적인 사용과 관련하여, 미국은 1980년대 바이돌법에 의해 대학에 투자하는 R&D예산의 결과에 대해 모두 대학소유로 귀속시킨 바 있다. 미국의 주요 대학들은 이러한 제도적인 뒷받침과 대학당국의 자체적인 노력으로 지난 30여년간 기반을 다지고 눈부신 성장을 거듭한 끝에 연구성과를 통해 부가가치를 창출하고 있다. 다만 자립기반이 확립된 대학이 많지 않은 것은 과제이다. 그러나, 국내의 사정은 여전히 어렵다. 특히 정부 R&D예산의 사용과 관련하여 기술료 규정을 여전히 적용하고 있는데 이것은 시장과 동떨어진 연구를 다소 부추기는 측면이 있다. 연구성과에 대한 가치평가를 통해 기술을 이전하고 이에 대한 대가로 기술료를 받아 정부에 납부하는 것이 아니라, 애초부터 정부출연금의 20-30%를 기술료로 규정하고 있고 이를 징수하기에 연구의 방향은 어떻게 하면 기술료를 납부할 수 있을 것인가에 초점에 맞춰진 본말이 전도된 연구를 수행할 수밖에 없는 것이 현실이다. 응용연구분야에서 만이라도 정부가 투자한 R&D예산의 연구성과에 대한 모든 권한을 대학에 주고 기술료를 징수하지 않는다면 좀더 활발한 응용연구를 수행할 수 있을 것이다. 기업과의 산학협동연구와 관련해서는 대부분의 기업들이 연구개발투자금에 상응하는 조치로 연구성과를 모두 기업에 귀속시키고 있다. 여기에 그치지 않고 이전에 개발된 선행기술과 향후 개발될 개량기술 전체에 대한 권리도 기업측에 귀속시키고 있는 것이 계약상 관행처럼 되어왔다. 최근 선도적인 대학들의 노력으로 100%귀속이 줄어들고 있고 대략 50:50의 공동소유로 전환하고 있다. 어떤 기술에 대해 대학이 99.9%의 지분을 가지고 있고 해당 기업이 단지 0.1%만 갖고 있다하더라도 기술의 사용은 기업에서 전적으로 행사할 수 있다. 기업과 대학간 합의에 의해 제 3자에게 소유권을 넘길 때만 지분이 작동하는데 그러한 사례는 존재하지 않는다. 따라서 산학협동연구에 있어서 대학의 참여동기를 극대화하고자 한다면 우선적으로 기업이 대학의 기술에 대한 정당한 가치를 지불하고 선행기술을 매입함과 동시에 협동연구의 성과가 좋을 경우, 인센티브를 제공한다면 좋은 성과들이 도출될 것이고 이는 기업의 경쟁력강화로 이어질 것이다. 대학에서의 산학협력은, 기업과 국가전체에 부가가치를 창출할 수 있는 새로운 지식을 공급하는 중요한 수단이다. 미국과 일본과 중국은 이미 산학협력을 통해 수많은 성과들을 만들어내고 있으며, 대학의 살림자체에도 많은 기여를 하고 있다. 앞서 제시한 과제들이 풀리기 위해서는 산학협력의 혁신주체간 다양한 소통의 장이 필요하며, 그런 면에서 산학협력단은 중요한 창구의 역할을 수행하게 될 것이다.